如何同时对 5,834 个基因运行 leveneTest答案

【问题标题】：How to run leveneTest for 5,834 genes at the same time如何同时对 5,834 个基因运行 leveneTest
【发布时间】：2017-08-30 21:47:36
【问题描述】：

我们有 35 个间充质干细胞 (MSCs) 单细胞 RNA-Seq 数据，想比较不同培养条件（即缺氧和常氧）之间的基因表达异质性。换句话说，我们希望找出在缺氧状态下比在常氧状态下更均匀的基因。

我知道如何使用 R 上的 car 包对单基因运行 leveneTest（请参阅下面的两个示例）。但是，我不知道如何同时对所有 5,834 个基因运行 leveneTest。您能帮帮我吗，请查看我们的数据来自：http://68.181.92.180/~Gary/temporal/Log2_Transpose_CPM_MSC35Sample_CPM5Sample10_5834Gene.txt

更重要的是，如何将所有 5834 个 leveneTest 结果转换为一个有两列的表？第一列是基因符号，第二列是 P 值。非常感谢。

setwd("/Volumes/TOSHIBA EXT/20170305_LeveneTest/car")

require(car)

msc <- read.table("Log2_Transpose_CPM_MSC35Sample_CPM5Sample10_5834Gene.txt", header = T)

测试：

leveneTest(CEBPB ~ Culture, data = msc, center=median)

Levene's Test for Homogeneity of Variance (center = median)

       Df F value  Pr(>F) 
 group  1  6.5486 0.01527 *
       33      

Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

还有：

leveneTest(PLIN2 ~ Culture, data = msc, center=median)

Levene's Test for Homogeneity of Variance (center = median)

  Df F value Pr(>F)
group  1  0.1804 0.6738
      33

【问题讨论】：

也许你可以使用apply familys，你可以使用$ 来获取像t.test() 这样的P-value。
非常感谢。如果您能告诉我相关的命令行，我将不胜感激。

标签： r statistics hypothesis-test heterogeneous r-car

【解决方案1】：

最简单的方法是使用外部包：

library(matrixTests)
row_brownforsythe(msc[-1], msc$Culture)

这里 Brown-Forsythe 是 Levene 的测试变体，center="median"

注意：我看不到您的数据，所以我假设“文化”在第一列。必须删除所有不用于比较的列。

【讨论】：