R中两组之间每一行的t检验答案

【问题标题】：t-test for each row between two groups in RR中两组之间每一行的t检验
【发布时间】：2020-08-30 03:29:47
【问题描述】：

我有两组：高体重和低体重。此外，我还拥有三个品种的每组中所有基因的基因表达值：

  gene  Variety_1   Variety_2   Variety_3   Variety_4   Variety_5   Variety_6
Weight  75.01776435 61.33770069 58.94255236 1.378325093 1.257405065 1.238147023
    A1  0.677707    0.546048    1.734473    0.375743    0.337179    0.777027
    A2  7.981616    3.183075    14.36619    6.108213    8.375638    21.607289
    A3  0.867021    2.018648    2.476652    1.634256    1.853648    3.682622
    A4  0           0           0           1.111973    1.970236    5.323712
    A5  1.508041    12.609049   8.554698    2.525282    3.461804    12.971696
    A6  0.371842    1.089097    1.484137    0.94704     0.07742     1.075424
    A7  0           0           8.090433    0           0           0
    A8  0           0           0           0           0           0

我想对高（品种 1,2,3）和低（品种 4,5,6）重量品种之间的每个基因（行）进行 t 检验。

【问题讨论】：

是的，我有一个基因列表。我有一个 csv 文件。我不确定这是否是您要问的。
我明白了。实际上，我有一个没有任何组的所有基因和品种的 csv 文件。我根据体重数据分组，并为高体重和低体重分别选择了三个品种。
我添加了权重，用作一行来获取基因表达值。
我已将问题更新为数据，没有进行任何分组。
这能回答你的问题吗？ doing t.test for columns for each row in data set

标签： r statistics bioinformatics hypothesis-test

【解决方案1】：

这是使用外部库的一种方法：

library(matrixTests)
row_t_welch(x[,1:3], x[,4:6])

【讨论】：

【解决方案2】：

我们可以使用apply 和MARGIN =1

df1$pval <- c(NA, apply(df1[-1,-1], 1, function(x) t.test(x[1:3], x[4:6])$p.value))

【讨论】：

谢谢！是否可以在原始数据集中为 t-test p 值增加一列。
@Jessica 我假设你的列是数字的，因为有一些 , 使它成为非数字
是的，它们都是数字。我想为 t.test 结果添加一列，这样我就不必一一检查了。
长度会不一样吧？需要为第一行添加一些东西
@desval 你是对的。谢谢。我忘记了第一行