如何在（Python）中消除稀疏矩阵中的零点？

Question

我需要一个稀疏矩阵（我使用来自scipy.sparse 的Compressed Sparse Row Format (CSR)）来进行一些计算。我以(data, (row, col)) 元组的形式拥有它。不幸的是，一些行和列都​​将为零，我想摆脱那些零。现在我有：

[In]:
     from scipy.sparse import csr_matrix
     aa = csr_matrix((1,2,3), ((0,2,2), (0,1,2))
     aa.todense()
[Out]:
     matrix([[1, 0, 0],
             [0, 0, 0],
             [0, 2, 3]], dtype=int64)

我想拥有：

[Out]:
    matrix([[1, 0, 0],
            [0, 2, 3]], dtype=int64)

在对象上使用eliminate_zeros() 方法后，我得到None：

[In]:
     aa2 = csr_matrix.eliminate_zeros(aa)
     type(aa2)
[Out]:
     <class 'NoneType'>

为什么那个方法会把它变成None？

有没有其他方法可以获得稀疏矩阵（不必是 CSR）并轻松摆脱空行/列？

我正在使用 Python 3.4.0。

Answer 1

以csr格式，摆脱全零行相对容易：

>>> import scipy.sparse as sps
>>> a = sps.csr_matrix([[1, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 2, 3]])
>>> a.indptr
array([0, 1, 1, 3])
>>> mask = np.concatenate(([True], a.indptr[1:] != a.indptr[:-1]))
>>> mask  # 1st occurrence of unique a.indptr entries
array([ True,  True, False,  True], dtype=bool)
>>> sps.csr_matrix((a.data, a.indices, a.indptr[mask])).A
array([[1, 0, 0],
       [0, 2, 3]])

然后，您可以将稀疏阵列转换为CSC格式，并且完全相同的技巧将摆脱所有零列。

我不确定它的表现如何，但更可读的语法：

>>> a[a.getnnz(axis=1) != 0][:, a.getnnz(axis=0) != 0].A
array([[1, 0, 0],
       [0, 2, 3]])

也有效。