如何使用 ggpairs 在 GGally 中绘制黄土估计？答案

【问题标题】：How to draw loess estimation in GGally using ggpairs?如何使用 ggpairs 在 GGally 中绘制黄土估计？
【发布时间】：2014-05-05 11:40:06
【问题描述】：

我尝试了一点 GGally 包。尤其是 ggpairs 函数。但是，当情节平滑时，我无法弄清楚如何使用 loess 而不是 lm。有任何想法吗？这是我的代码：

require(GGally)
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1],200),]
ggpairs(diamonds.samp[,c(1,5)], 
        lower = list(continuous = "smooth"),
        params = c(method = "loess"),
        axisLabels = "show")

谢谢！

附：与 plotmatrix 函数相比，ggpairs 要慢得多……因此，大多数时候，我只是使用 ggplot2 中的 plotmatrix。

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 smoothing ggally

【解决方案1】：

通常最好编写自己的函数供它使用。 Adapted from this answer 类似的问题。

library(GGally)
diamonds_sample = diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1],200),]

# Function to return points and geom_smooth
# allow for the method to be changed
custom_function = function(data, mapping, method = "loess", ...){
      p = ggplot(data = data, mapping = mapping) + 
      geom_point() + 
      geom_smooth(method=method, ...)

      p
    }

# test it  
ggpairs(diamonds_sample,
    lower = list(continuous = custom_function)
)

产生这个：

【讨论】：

【解决方案2】：

文档没有说，所以使用源，Luke

您可以通过以下方式深入挖掘源代码：

ls('package:GGally')

GGally::ggpairs

... and browse every function it references ...

seems like the args get mapped into ggpairsPlots and then -> plotMatrix which then gets called

所以显然不明确支持选择更平滑，您只能选择continuous = "smooth"。如果它的行为类似于ggplot2:geom_smooth，它会在内部自动确定要调用哪些支持的平滑器（对于 =1000 的 gam）。您可能希望通过调试器单步执行它，以查看您的情节中发生了什么。我试图追踪消息来源，但我的眼睛呆滞了。

或 2. 浏览 https://github.com/ggobi/ggally/blob/master/R/ggpairs.r [2013 年 4 月 14 日]

#' upper and lower are lists that may contain the variables 'continuous',
#' 'combo' and 'discrete'. Each element of the list is a string implementing
#' the following options: continuous = exactly one of ('points', 'smooth',
#' 'density', 'cor', 'blank') , ...
#'
#' diag is a list that may only contain the variables 'continuous' and 'discrete'.
#' Each element of the diag list is a string implmenting the following options:
#' continuous = exactly one of ('density', 'bar', 'blank');

【讨论】：

谢谢！在我的代码中，数据只有 200 行，所以应该使用 loess 方法。但是，情况并非如此...... ggpairs 使用 lm。