ggplot2：geom_smooth 选择观察连接（等效于 geom_path()）答案

【问题标题】：ggplot2: geom_smooth select observations connections (equivalence to geom_path())ggplot2：geom_smooth 选择观察连接（等效于 geom_path()）
【发布时间】：2017-01-21 11:04:29
【问题描述】：

我正在使用ggplot2 创建海洋的垂直剖面。我的原始数据集创建了“尖峰”，以便制作平滑的曲线。我希望使用geom_smooth()。我还希望这条线根据观察的顺序（而不是根据 x 轴）进行。当我使用geom_path() 时，它适用于原始情节，但不适用于生成的geom_smooth()（见下图）。

melteddf = Storfjorden %>% melt(id.vars = "Depth")
ggplot(melteddf, aes(y = Depth, x = value)) + 
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1, scales = "free_x") + 
  scale_y_reverse() +
  geom_smooth(span = 0.5,se = FALSE) + 
  geom_path()

那么有没有办法确保平滑曲线按照观察的顺序而不是a轴前进？

我的数据子集：

head(Storfjorden)
      Depth Salinity Temperature Fluorescence
    1  0.72    34.14       3.738         0.01
    2  0.92    34.14       3.738         0.02
    3  1.10    34.13       3.739         0.03
    4  1.80    34.14       3.740         0.06
    5  2.80    34.13       3.739         0.02
    6  3.43    34.14       3.739         0.05

【问题讨论】：

您能否包含您的数据子集（使用dput 和head）以便这是more reproducible？
我希望我所做的编辑符合您的要求。谢谢！
您可以尝试使用 coord_flip 并交换 x 和 y，但方面往往会带来一些麻烦。否则，您可能必须首先在ggplot 之外进行平滑处理。看看?loess。
我确实考虑过loess，但后来我在 geom_smooth 中使用黄土对象时遇到了困难。但是，如果您对黄土有见解，我会很高兴听到的！

标签： r ggplot2 smooth

【解决方案1】：

您提供的数据非常少，但我们可以让它发挥作用。

使用一些 tidyverse 包，我们可以为每个 variables 安装单独的 loess 函数。

本质上，我们所做的是

按variable (group_by) 对我们的数据进行分组。
使用do 为每个组拟合一个黄土函数。
使用augment 从该黄土模型创建预测，在本例中为数据范围内的 1000 个值（针对该variable）。

# Load the packages
library(dplyr)
library(broom)

lo <- melteddf %>% 
  group_by(variable) %>% 
  do(augment(
    loess(value ~ Depth, data = .), 
    newdata = data.frame(Depth = seq(min(.$Depth), max(.$Depth), l = 1000))
  ))

现在我们可以在新的geom_path 调用中使用该预测数据：

ggplot(melteddf, aes(y = Depth, x = value)) + 
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1, scales = "free_x") + 
  scale_y_reverse() +
  geom_path(aes(col = 'raw')) +
  geom_path(data = lo, aes(x = .fitted, col = 'loess'))

（我将简单的字符向量映射到两条线的颜色以创建图例。）

结果：

【讨论】：