在 R 中绘制 Kohonen 地图时出错？答案

【问题标题】：Error plotting Kohonen maps in R?在 R 中绘制 Kohonen 地图时出错？
【发布时间】：2014-11-15 21:26:00
【问题描述】：

我正在阅读 R-bloggers 上的这篇博文，但我对代码的最后一部分感到困惑，无法弄清楚。

http://www.r-bloggers.com/self-organising-maps-for-customer-segmentation-using-r/

我试图用我自己的数据重新创建它。我有 5 个变量遵循 2755 个点的指数分布。

我很好，可以绘制它生成的地图：

plot(som_model, type="codes")

我不明白的代码部分是：

var <- 1
var_unscaled <- aggregate(as.numeric(training[,var]),by=list(som_model$unit.classif),FUN = mean, simplify=TRUE)[,2]
plot(som_model, type = "property", property=var_unscaled, main = names(training)[var], palette.name=coolBlueHotRed)

据我了解，这部分代码应该是在地图上绘制其中一个变量以查看它的外观，但这是我遇到问题的地方。当我运行这部分代码时，我收到警告：

Warning message:
In bgcolors[!is.na(showcolors)] <- bgcol[showcolors[!is.na(showcolors)]] :
number of items to replace is not a multiple of replacement length

它会产生情节：

这只是一些看起来不正确...

现在我认为归结为聚合函数重新排序数据的方式。 var_unscaled 的长度是 789，som_model$data、training[,var] 和 unit.classif 的长度都是 2755。我尝试绘制聚合数据，结果没有警告，而是一个难以理解的图形（如预期的那样）。

现在我认为它已经这样做了，因为 unit.classif 里面有很多重复的数字，这就是它减小大小的原因。

问题是，我担心警告吗？它是否产生了准确的图表？在 plot 命令中寻找的“属性”部分到底是什么？有没有其他方法可以“聚合”数据？

【问题讨论】：

如果情节不正确，那么是的，请担心警告。实际上，您应该始终关注收到警告的原因。我还没有完全检查出来，但我注意到你在aggregate 的末尾有一个子集。有必要吗？
您应该提供reproducible example，以便我们可以运行与您相同的代码并得到相同的错误。否则我们真的无法知道您的数据是如何存储在每个对象中的，或者它们应该如何在 plot 语句中组合。
调色板coolBlueHotRed 来自哪里，它的长度是多少？它很可能被配置为匹配示例数据，而不是您的数据。
coolBlueHotRed 托盘是：coolBlueHotRed

标签： r plot som

【解决方案1】：

我认为您必须创建调色板颜色。如果你把论点

coolBlueHotRed <- function(n, alpha = 1) {rainbow(n, end=4/6, alpha=alpha)[n:1]}

然后试着得到一个情节，例如

plot(som_model, type = "count", palette.name = coolBlueHotRed)

结局是成功的。

此链接可以帮助您：http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_rdfile?f=kohonen/man/plot.kohonen.Rd&d=R_CC

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为并非地图上的所有单元格内部都有点。你有 30 x 30 的地图和大约 2700 个点。平均而言，每个单元格约为 3 分。很有可能有些单元格的点数超过 3，有些单元格是空的。

当所有单元格内部都有点时，R-bloggers 帖子中的代码运行良好。

要使其适用于您的数据，请尝试更改此部分：

var <- 1
var_unscaled <- aggregate(as.numeric(training[, var]), by = list(som_model$unit.classif), FUN = mean, simplify = TRUE)[, 2]
plot(som_model, type = "property", property = var_unscaled, main = names(training)[var], palette.name = coolBlueHotRed)

用这个：

var <- 1
var_unscaled <- aggregate(as.numeric(data.temp[, data.classes][, var]), 
                          by = list(som_model$unit.classif), 
                          FUN = mean, 
                          simplify = T)
v_u <- rep(0, max(var_unscaled$Group.1))
v_u[var_unscaled$Group.1] <- var_unscaled$x
plot(som_model, 
     type = "property", 
     property = v_u, 
     main = colnames(data.temp[, data.classes])[var], 
     palette.name = coolBlueHotRed)

希望对你有帮助。

【讨论】：

我同意。如果您的任何单元格为空，这就是您的代码不起作用的原因。我也有同样的问题

【解决方案3】：

只需将这些函数添加到您的脚本中：

coolBlueHotRed <- function(n, alpha = 1) {rainbow(n, end=4/6, alpha=alpha)[n:1]}

pretty_palette <- c("#1f77b4","#ff7f0e","#2ca02c", "#d62728","#9467bd","#8c564b","#e377c2")

【讨论】：