无法运行双向重复测量方差分析； 0（非NA）案例答案

【问题标题】：Unable to run Two-way repeated measures ANOVA; 0 (non-NA) cases无法运行双向重复测量方差分析； 0（非NA）案例
【发布时间】：2020-05-19 16:01:12
【问题描述】：

我正在尝试遵循 Datanovia 为 Two-way repeated measures ANOVA 提供的教程。

我的数据集的快速概览：

随着时间的推移，我测量了 12 个采样单位中不同细菌种类的数量。我有16个时间点和2组。我将我的数据组织为一个名为“丰富性”的小标题；

# A tibble: 190 x 4
   id    selection.group Day   value
   <fct> <fct>           <fct> <dbl>
 1 KRH1  KR              2      111.
 2 KRH2  KR              2      141.
 3 KRH3  KR              2      110.
 4 KRH1  KR              4      126 
 5 KRH2  KR              4      144 
 6 KRH3  KR              4      135.
 7 KRH1  KR              6      115.
 8 KRH2  KR              6      113.
 9 KRH3  KR              6      107.
10 KRH1  KR              8      119.

id指的是每个采样单元，选择组有两个因素（KR和RK）。

richness <- tibble(
  id = factor(c("KRH1", "KRH3", "KRH2", "RKH2", "RKH1", "RKH3")), 
  selection.group = factor(c("KR", "KR", "KR", "RK", "RK", "RK")), 
  Day = factor(c(2,2,4,2,4,4)), 
  value = c(111, 110, 144,  92,  85,  69))  # subset of original data

我的 tibble 似乎与教程中的格式相同；

> str(selfesteem2)
Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':   72 obs. of  4 variables:
 $ id       : Factor w/ 12 levels "1","2","3","4",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ treatment: Factor w/ 2 levels "ctr","Diet": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ time     : Factor w/ 3 levels "t1","t2","t3": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ score    : num  83 97 93 92 77 72 92 92 95 92 ..

在运行重复测量方差分析之前，我必须检查数据的正态性。我复制了教程中提出的框架。

#my code
richness %>%
  group_by(selection.group, Day) %>%
  shapiro_test(value)

#tutorial code
selfesteem2 %>%
  group_by(treatment, time) %>%
  shapiro_test(score)

但是当我尝试运行代码时收到错误消息“错误：列variable 未知”。有谁知道为什么会这样？

我试图在没有保险的情况下继续，我的数据是正态分布的，并尝试运行 ANOVA

res.aov <- rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
  )

但是得到这个错误信息； lm.fit(x, y, offset = offset,singular.ok =singular.ok, ...) 中的错误： 0（非NA）案例

我用any(is.na(richness)) 检查了NA 值，它返回FALSE。我还检查了table(richness$selection.group, richness$Day) 以确保我的设置正确


     2 4 6 8 12 16 20 24 28 29 30 32 36 40 44 50
  KR 6 6 6 6  6  6  6  6  6  6  6  5  6  6  6  6
  RK 6 6 6 6  6  5  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6

而且设置看起来是正确的。我将非常感谢有关解决此问题的提示。

最好的问候玛德琳

以下是我的数据集的一个子集，格式可重现：

library(tidyverse)
library(rstatix)
library(tibble)

richness_subset = data.frame(
  id = c("KRH1", "KRH3", "KRH2", "RKH2", "RKH1", "RKH3"), 
  selection.group = c("KR", "KR", "KR", "RK", "RK", "RK"), 
  Day = c(2,2,4,2,4,4), 
  value = c(111, 110, 144,  92,  85,  69))

richness_subset$Day = factor(richness$Day)
richness_subset$selection.group = factor(richness$selection.group)
richness_subset$id = factor(richness$id)

richness_subset = tibble::as_tibble(richness_subset)

richness_subset %>%
  group_by(selection.group, Day) %>%
  shapiro_test(value)

# gives Error: Column `variable` is unknown
res.aov <- rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
)

# gives Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
#  0 (non-NA) cases

【问题讨论】：

请在reproducible format 中分享您的数据。查看print() 或str() 并不容易复制/粘贴数据来测试您的代码。
错误：列变量未知 -> 变量名称输入错误可能会出现问题您是否可能忘记将字母放在大写字母中？在 group_by(selection.group, Day) %>% 例如，我看到 Day 有一个大写字母 D
查看shapiro_test 的源代码，我猜你有一组观察值都是 NA 或单行。查看您所做的测试，情况似乎并非如此。如果没有要测试的完整数据，就很难提供帮助。如果您不想分享它，您可以随时尝试使用richness$value <- richness$value + rnorm(190) 之类的方式对其进行匿名化。
@Brian，我认为这不是问题所在。我假设同样的事情，并且有多个组，可能一个组太小而无法适应shapiro.test 的条件。但是在运行一个类似的示例并排除 3 以下的组之后，我遇到了同样的问题。错误代码似乎与dplyr 的关系比与shapiro_test 的关系更大。但我还没有查明错误。

标签： r statistics anova tibble

【解决方案1】：

我创建了类似于您的数据设计的东西：

set.seed(111)
richness = data.frame(id=rep(c("KRH1","KRH2","KRH3"),6),
selection.group=rep(c("KR","RK"),each=9),
Day=rep(c(2,4,6),each=3,times=2),value=rpois(18,100))

richness$Day = factor(richness$Day)
richness$id = factor(richness$id)

首先，shapiro_test，脚本中存在错误，您要测试的值不能命名为“值”：

# gives error Error: Column `variable` is unknown
richness %>% shapiro_test(value)

#works
richness %>% mutate(X = value) %>% shapiro_test(X)
# A tibble: 1 x 3
  variable statistic     p
  <chr>        <dbl> <dbl>
1 X            0.950 0.422
1 X            0.963 0.843

其次，对于 anova，这对我有用。

rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
  )

在我的示例中，可以估计每个术语。我怀疑您的一个术语是另一个术语的线性组合。用我的例子，

set.seed(111)
richness =
data.frame(id=rep(c("KRH1","KRH2","KRH3","KRH4","KRH5","KRH6"),3),
selection.group=rep(c("KR","RK"),each=9),
Day=rep(c(2,4,6),each=3,times=2),value=rpois(18,100))

richness$Day = factor(richness$Day)
richness$id = factor(richness$id)

rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
  )

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
  0 (non-NA) cases

给出完全相同的错误。可以使用以下方法进行检查：

lm(value~id+Day:selection.group,data=richness)


   Call:
lm(formula = value ~ id + Day:selection.group, data = richness)

Coefficients:
           (Intercept)                     id1                     id2  
               101.667                  -3.000                  -6.000  
                   id3                     id4                     id5  
                -6.000                   1.889                  11.556  
Day2:selection.groupKR  Day4:selection.groupKR  Day6:selection.groupKR  
                 1.667                 -12.000                   9.333  
Day2:selection.groupRK  Day4:selection.groupRK  Day6:selection.groupRK  
                -1.667                      NA                      NA

Day4:selection.groupRK 和 Day6:selection.groupRK 是不可估计的，因为它们被之前的因素的线性组合所覆盖。

【讨论】：

我在shapiro_test 函数定义中查看了硬编码的variable 和value，并知道这是罪魁祸首，但无法弄清楚重命名变量是解决方案！
将列名“值”更改为其他名称实际上有帮助！非常感谢！
酷！很高兴它有帮助:)
您能否解释一下为什么因素的线性组合会阻止 ANOVA 运行？
我听从了您的建议，并尝试简单地删除 lm 系数中具有 NA 的时间点数据。但是，当我重新运行 ANOVA 时，新的最后一个时间点现在变为 NA。我再次删除，第二个最后一个时间点变成了 NA。这是正常的吗？如何解决这个问题？

【解决方案2】：

上面提出的运行 Shapiro_test 的解决方案奏效了。

我通过运行lm(value~id+Day:selection.group,data=richness) 发现我有一些线性组合。但是，我不明白为什么？我知道我有每个组的数据点（见图表）。这种线性组合从何而来？

重复测量方差分析对我来说似乎非常合适，因为我会随着时间的推移跟踪采样单位。

【讨论】：

【解决方案3】：

我有同样的问题。找不到解决办法。最后进行以下工作：安装“ez”包

newModel

示例：bushModel

【讨论】：