如何使用 R 汇总数据统计信息答案

【问题标题】：How can I summarizing data statistics using R如何使用 R 汇总数据统计信息
【发布时间】：2014-01-15 02:40:03
【问题描述】：

我如何编写一个简短的脚本来创建一个新的数据框，该数据框为以下调查的每列连续数据报告以下描述性统计数据：平均值、标准差、中位数、最小值、最大值、样本量？

   Distance Age Height Coning
1      21.4  18    3.3    Yes
2      13.9  17    3.4    Yes
3      23.9  16    2.9    Yes
4       8.7  18    3.6     No
5     241.8   6    0.7     No
6      44.5  17    1.3    Yes
7      30.0  15    2.5    Yes
8      32.3  16    1.8    Yes
9      31.4  17    5.0     No
10     32.8  13    1.6     No
11     53.3  12    2.0     No
12     54.3   6    0.9     No
13     96.3  11    2.6     No
14    133.6   4    0.6     No
15     32.1  15    2.3     No
16     57.9  12    2.4    Yes
17     30.8  17    1.8     No
18     59.9   7    0.8     No
19     42.7  15    2.0    Yes
20     20.6  18    1.7    Yes
21     62.0   8    1.3     No
22     53.1   7    1.6     No
23     28.9  16    2.2    Yes
24    177.4   5    1.1     No
25     24.8  14    1.5    Yes
26     75.3  14    2.3    Yes
27     51.6   7    1.4     No
28     36.1   9    1.1     No
29    116.1   6    1.1     No
30     28.1  16    2.5    Yes
31      8.7  19    2.2    Yes
32    105.1   6    0.8     No
33     46.0  15    3.0    Yes
34    102.6   7    1.2     No
35     15.8  15    2.2     No
36     60.0   7    1.3     No
37     96.4  13    2.6     No
38     24.2  14    1.7     No
39     14.5  15    2.4     No
40     36.6  14    1.5     No
41     65.7   5    0.6     No
42    116.3   7    1.6     No
43    113.6   8    1.0     No
44     16.7  15    4.3    Yes
45     66.0   7    1.0     No
46     60.7   7    1.0     No
47     90.6   7    0.7     No
48     91.3   7    1.3     No
49     14.4  18    3.1    Yes
50     72.8  14    3.0    Yes

【问题讨论】：

其他一些选择：statmethods.net/stats/descriptives.html

标签： r

【解决方案1】：

您可以编写自己的函数来将这样的摘要放入 data.frame：

# Defining the function
my.summary <- function(x, na.rm=TRUE){
  result <- c(Mean=mean(x, na.rm=na.rm),
              SD=sd(x, na.rm=na.rm),
              Median=median(x, na.rm=na.rm),
              Min=min(x, na.rm=na.rm),
              Max=max(x, na.rm=na.rm), 
              N=length(x))
}

# identifying numeric columns
ind <- sapply(df, is.numeric)


# applying the function to numeric columns only
sapply(df[, ind], my.summary)  
        Distance       Age     Height
Mean    58.67200 11.840000  1.9160000
SD      45.48137  4.604168  0.9796626
Median  48.80000 13.500000  1.7000000
Min      8.70000  4.000000  0.6000000
Max    241.80000 19.000000  5.0000000
N       50.00000 50.000000 50.0000000

或者您可以使用 fBasics 包中的内置函数 basicStats 以获得更详细的摘要：

> library(fBasics)
> basicStats(df[, ind])
               Distance        Age    Height
nobs          50.000000  50.000000 50.000000
NAs            0.000000   0.000000  0.000000
Minimum        8.700000   4.000000  0.600000
Maximum      241.800000  19.000000  5.000000
1. Quartile   28.300000   7.000000  1.125000
3. Quartile   74.675000  15.750000  2.475000
Mean          58.672000  11.840000  1.916000
Median        48.800000  13.500000  1.700000
Sum         2933.600000 592.000000 95.800000
SE Mean        6.432037   0.651128  0.138545
LCL Mean      45.746337  10.531510  1.637583
UCL Mean      71.597663  13.148490  2.194417
Variance    2068.555118  21.198367  0.959739
Stdev         45.481371   4.604168  0.979663
Skewness       1.711028  -0.158853  0.905415
Kurtosis       3.753948  -1.574527  0.578684

【讨论】：

无耻插件：cgwtools::mystat.
我一直在阅读hadley's book regarding programming。解释这种功能是一个好主意here。这个想法是避免在定义函数时重复。 summary <- function(x) { funs <- c(mean, median, sd, mad, IQR) lapply(funs, function(f) f(x, na.rm = TRUE)) }
@marbel，太棒了，谢谢！正是我希望在答案或 cmets 中找到的内容！

【解决方案2】：

do.call、rbind 和 sapply 的以下用法为具有“数字”类的每一列提供了摘要。如果您需要与summary 不同的统计信息，您可以编写自己的统计函数（参见@Jilber 的答案）。

mtcars$carb = as.factor(mtcars$carb)  # Forcing one column to a factor
do.call('rbind', sapply(mtcars, function(x) if(is.numeric(x)) summary(x)))
       Min. 1st Qu.  Median     Mean 3rd Qu.    Max.
mpg  10.400  15.420  19.200  20.0900   22.80  33.900
cyl   4.000   4.000   6.000   6.1880    8.00   8.000
disp 71.100 120.800 196.300 230.7000  326.00 472.000
hp   52.000  96.500 123.000 146.7000  180.00 335.000
drat  2.760   3.080   3.695   3.5970    3.92   4.930
wt    1.513   2.581   3.325   3.2170    3.61   5.424
qsec 14.500  16.890  17.710  17.8500   18.90  22.900
vs    0.000   0.000   0.000   0.4375    1.00   1.000
am    0.000   0.000   0.000   0.4062    1.00   1.000
gear  3.000   3.000   4.000   3.6880    4.00   5.000

【讨论】：

【解决方案3】：

以下是一些使用data.table 的示例。我正在使用前面答案中定义的函数。

my.summary <- function(x, na.rm=TRUE){
  result <- c(Mean=mean(x, na.rm=na.rm),
              SD=sd(x, na.rm=na.rm),
              Median=median(x, na.rm=na.rm),
              Min=min(x, na.rm=na.rm),
              Max=max(x, na.rm=na.rm), 
              N=length(x))
}
set.seed(123)

df <- data.frame(id = 1:1000,
                 Distance = rnorm(1000, 50, 100),
                 Age = rnorm(1000, 50, 100),
                 Height = rnorm(1000, 50, 100)
                 )
df$Coning <- as.factor(ifelse(df$Distance > 0, "Yes", "No"))
library(fBasics)
library(data.table)
DT <- data.table(df)
setkey(DT, id)

按因子变量“Coning”分组

DT[,lapply(.SD,my.summary),by="Coning"]

使用 my.summary() 和 basicStats() 只是数字变量

DT[,lapply(.SD, my.summary),, .SDcols = names(DT)[2:4]]

BS <- DT[,sapply(.SD, basicStats),, .SDcols = names(DT)[2:4]]
BS[, summary := znames]
setnames(BS, 1:3, names(DT)[2:4])
BS

DT[,lapply(.SD, summary),, .SDcols = names(DT)[2:4]]

使用 summary() 数值变量使用

DT[,sapply(.SD, function(x) if(is.numeric(x)) summary(x)),, .SDcols = names(DT)[2:4]]

因子变量

DT[,sapply(.SD, function(x) if(is.factor(x)) summary(x)),, .SDcols = names(DT)[5]]

使用分位数功能也蛮有用的：

DT[,sapply(.SD, function(x) if(is.numeric(x)) quantile(x)),, .SDcols = names(DT)[2:4]]

【讨论】：

【解决方案4】：

包collapse 提供快速高效的汇总统计生成器qsu。我一直在寻找类似于 STATA 的su 的 R 函数，而这个对我来说是最好的。

https://sebkrantz.github.io/collapse/articles/collapse_intro.html

【讨论】：