在 R 中进行多重插补后预测答案

【问题标题】：predict after multiple imputation in R在 R 中进行多重插补后预测
【发布时间】：2018-04-29 02:36:03
【问题描述】：

我使用 R 中的 mouse 包对我的数据执行多重插补：

### multiple inputation by chained equations
imp.data <- mice(data, maxit = 5, m = 5, seed = 92385, print = F)

我想在 MI 之后运行一个逻辑回归模型，并根据模型预测结果：

model <- with(imp.data, glm(died ~ agecat + female_1 + insurance + mech + transfer +
                          iss + mxaisbr1 + maxais + cm_chf_1 + cm_mets_1 + cm_liver_1 +
                          cm_htn_c_1 + cm_bldloss_1 + state, family = binomial))

但是，predict 命令不起作用：

predict(pool(model), type = c('response'))

如果我有估算值的数据会简单得多，但是估算得到了 5 个估算数据集，使后估计变得复杂。有什么想法吗？

谢谢！！

【问题讨论】：

标签： r prediction imputation r-mice

【解决方案1】：

我不确定估算模型是否保存为data.frame 或矩阵..

但是，如果您将模型转换为 data.frame，您可以将感兴趣的列插入原始框架。

imp.data <- data.frame(imp.data)
original.df$NewImputtedColumn <- imp.data[, 1] # Assuming you want column 1

现在，您可以轻松保留插补模型的副本，并且仍然只在预测模型中使用单个 data.frame。

无论如何，这都是我倾向于做的事情，可能不是标准方式（我不确定）。

您只是从 1 个估算模型中获取输入值，对吗？

【讨论】：

估算模型保存为列表而不是数据框。感谢 cmets，但我认为将 5 个估算数据的所有信息集中在一起更有意义？仅从其中 1 个模型中获取输入值似乎会导致有偏见的结论。但不确定使用什么算法来考虑所有 5 个模型...
如果您想先对每个模型进行平均，请成为我的客人。关键是，在您确定最终模型后，只需将估算模型的类型转换为数据框并将列传输回原始模型。
如果您遇到其他问题，请随时更新您的问题并联系我。我很乐意提供进一步的帮助。