Pydicom.read_file 仅适用于一些 Dicom 图像

Question

我正在制作一个可以使用 pydicom 库将 .dcm 图像转换为 .jpg 的 python 应用程序。这是我的代码：

import pydicom
import cv2
import numpy as np

filename = 'testDicom.dcm'

#get pixel data from image
ds = pydicom.read_file(filename, force=True)
image = ds.pixel_array

new_img = []
max_value = None
min_value = None

#get maximum and minimum pixel values
for i in image:
    for l in i:
        if max_value:
            if l > max_value:
                max_value = l
        else:
            max_value = l

        if min_value:
            if l < min_value:
                min_value = l
        else:
            min_value = l

#use maximum and minimum pixel values to map pixel values between 0 and 255
for i in image:
    row = []
    for pixel in i:
        row.append((pixel - min_value) / (max_value / 255.0))
    new_img.append(row)

#convert to numpy array
new_img = np.array(new_img)

#save image
cv2.imwrite(filename.replace('.dcm', '.jpg'), new_img)

我已经在两个文件上进行了测试。第一个，

https://github.com/MaxwellMarcus/Training-Data-Creator/blob/master/testDicom.dcm

工作正常。

第二个，

https://github.com/MaxwellMarcus/Training-Data-Creator/blob/master/testDicom2.dcm

报错：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Max Marcus\github\Training-Data-Creator\creator.py", line 6, in <module>
    image = ds.pixel_array
  File "C:\Python38\lib\site-packages\pydicom\dataset.py", line 1615, in pixel_array
    self.convert_pixel_data()
  File "C:\Python38\lib\site-packages\pydicom\dataset.py", line 1324, in convert_pixel_data
    self._convert_pixel_data_without_handler()
  File "C:\Python38\lib\site-packages\pydicom\dataset.py", line 1409, in _convert_pixel_data_without_handler
    raise RuntimeError(msg + ', '.join(pkg_msg))
RuntimeError: The following handlers are available to decode the pixel data however they are missing required dependencies: GDCM (req. GDCM)

有谁知道为什么这两个文件只有一个会发生这种情况，或者如何解决？

Answer 1

第二张图片是压缩过的dicom图片，pydicom使用GDCM和Pillow(for jpg, jpeg)等不同的包来处理这些图片。

安装其中一个包可以解决问题。

Answer 2

您有一个包含压缩像素数据的数据集。 pydicom 本身只能处理未压缩的 Pixel Data，但如果你 install one or more optional libraries 则它可以处理各种压缩。 This table 告诉你需要哪个包。

对于 JPEG 无损、非分层、一阶预测 (1.2.840.10008.1.2.4.70)，列出的唯一可用软件包是 GDCM，不幸的是，这意味着您要么需要安装 Conda（并且在 conda-forge 上其 only available on Windows up to Python 3.6) 或 linux。幸运的是，我一直在开发一个新的包，它也支持 JPEG 无损：pylibjpeg 和 -libjpeg 插件。

$ pip install pylibjpeg pylibjpeg-libjpeg pydicom

from pydicom import dcmread
import pylibjpeg

ds = dcmread("testDicom2.dcm")
arr = ds.pixel_array

查看您的数据，我会说 Photometric Interpretation 值也是错误的。先把它改成 YBR_FULL：

from pydicom import dcmread
import pylibjpeg

ds = dcmread("testDicom2.dcm")
ds.PhotometricInterpretation = 'YBR_FULL'
arr = ds.pixel_array