【问题标题】:What is this error in PyTables?PyTables 中的这个错误是什么?
【发布时间】:2015-11-25 16:36:18
【问题描述】:

我在 python 中通过pandas 使用pytables。我正在尝试使用 pandas.read_hdf() 加载文件,但我收到了这个令人讨厌的错误。我希望我没有丢失我的 1.1 gigs 不可替代的数据。在保存过程中我没有看到任何错误。一切似乎都运行良好。

有人能解释一下这个错误在说什么吗?

还有,有什么办法可以恢复吗?

HDF5ExtError: HDF5 error back trace

  File "H5Dio.c", line 174, in H5Dread
    can't read data
  File "H5Dio.c", line 449, in H5D_read
    can't read data
  File "H5Dchunk.c", line 1729, in H5D_chunk_read
    unable to read raw data chunk
  File "H5Dchunk.c", line 2755, in H5D_chunk_lock
    unable to read raw data chunk
  File "H5Fio.c", line 113, in H5F_block_read
    read through metadata accumulator failed
  File "H5Faccum.c", line 254, in H5F_accum_read
    driver read request failed
  File "H5FDint.c", line 142, in H5FD_read
    driver read request failed
  File "H5FDsec2.c", line 720, in H5FD_sec2_read
    addr overflow, addr = 1108161578, size=7512, eoa=1108155712

【问题讨论】:

  • 您的文件已损坏。我只在有人尝试使用严格禁止的多个进程/线程编写时才看到这一点。
  • 我发布了一个类似的问题,您回答了,多进程问题并非不可能。我认为在这种情况下可能会有所不同,因为我没有看到与以前相同的错误,并且错误本身是不同的。
  • 我已经看到即使磁盘出现问题也会发生这种情况。 HDF5 相当不错,但需要备份 :)
  • 好的,谢谢。如果您想回答这个问题,请提供指向另一个问题的链接(以帮助任何收到这些不同错误消息的人)我会接受。

标签: python pandas hdf5 pytables


【解决方案1】:

类似的问题是here

底线。你的文件很无聊。没有办法从中恢复过来。这是特别警告的(使用多个线程/进程作为编写器)。请参阅文档here

对于编写者来说,HDF5 不是线程安全/进程安全的。

【讨论】:

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