如何从熊猫中读取 HDF 表？答案

【问题标题】：How to read HDF table from pandas?如何从熊猫中读取 HDF 表？
【发布时间】：2013-04-16 14:38:20
【问题描述】：

我有一个my_file.h5 文件，大概包含 HDF5 格式 (PyTables) 的数据。我尝试使用 pandas 读取此文件：

import pandas as pd
store = pd.HDFStore('my_file.h5')

然后我尝试使用store 对象：

print store

结果我得到：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pandas/io/pytables.py", line 133, in __repr__
    kind = v._v_attrs.pandas_type
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/tables/attributeset.py", line 302, in __getattr__
    (name, self._v__nodePath)
AttributeError: Attribute 'pandas_type' does not exist in node: '/data'

有人知道我做错了什么吗？问题可能是因为我的*.h5 不是我想的那样（不是 hdf5 格式的数据）吗？

【问题讨论】：

标签： python io pandas hdf5

【解决方案1】：

在你的/usr/lib/pymodules/python2.7/pandas/io/pytables.py，第 133 行

kind = v._v_attrs.pandas_type

在我的pytables.py 我看到了

kind = getattr(n._v_attrs,'pandas_type',None)

通过使用getattr，如果没有pandas_type属性，则kind设置为None。我猜我的 Pandas 版本

In [7]: import pandas as pd

In [8]: pd.__version__
Out[8]: '0.10.0'

比你的更新。如果是这样，解决方法是升级您的pandas。

【讨论】：

您至少需要 0.10.1（现在 0.11 已经发布），要读取非熊猫创建的 HDF5 表，您可以通过 ptdump -avd file.h5 进行检查

【解决方案2】：

我有一个 h5 表。使用独立于 pandas 的 pytables 制作，需要将其转换为元组列表，然后将其导入 df。这很好，因为它允许我利用我的 pytables 索引在输入上运行“位置”。这可以节省我阅读所有行的时间。

【讨论】：