无法使用 python + h5py 访问外部链接答案

【问题标题】：Can't access external link with python + h5py无法使用 python + h5py 访问外部链接
【发布时间】：2019-07-27 20:51:10
【问题描述】：

最近我开始使用.hdf5 文件，但仍然不知道如何正确使用外部链接。

我有几个.hdf5 文件。每个文件都有相同的结构，例如相同的键和数据类型。我想将它们合并到一个文件中，但用每个文件的不同键将它们分开。

这是我的工作：

myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'w')
myfile['0.000'] = h5py.ExternalLink("img_000.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile['0.001'] = h5py.ExternalLink("img_001.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile.flush()

然后我尝试阅读：

myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))

print(keys) 行给了我['0.000', '0.001']。所以，我相信文件的结构是好的。

接下来的几行给了我一个例外： KeyError: "Unable to open object (unable to open external file, external link file name = 'img_000.hdf5')"

我做错了吗？文档很差，我没有 t 在那里找到了相关的用例。

【问题讨论】：

您的问题解决了吗？

标签： python python-3.x hdf5 h5py hdf

【解决方案1】：

问题是您混淆了路径。区分两种类型的路径很重要：

文件路径（硬盘上的位置）。
数据集路径：此路径是 HDF5 文件的内部路径，不取决于您存储文件的位置。

h5py.ExternalLink 的语法，如the documentation 所述，是：

myfile['/path/of/link'] = h5py.ExternalLink('/path/to/file.hdf5', '/path/to/dataset')

因此，我想鼓励您将relative file path 用于ExternalLink。如果您这样做，那么即使您将文件集合移动到硬盘驱动器上的新位置（或将它们交给其他人），一切都会继续工作。

使用正确的路径，您的示例可以正常工作，如下所示。

请注意，为了说明我对相对文件路径的评论，我已将数据集的所有路径设为绝对路径（这些仅在文件内部，与文件在硬盘驱动器上的存储位置无关) 而我保持文件路径相对。

import h5py
import numpy as np

myfile = h5py.File('test_a.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([0,1,2])
myfile.close()

myfile = h5py.File('test_b.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([3,4,5])
myfile.close()

myfile = h5py.File('test.hdf5', 'w')
myfile['/a'] = h5py.ExternalLink('test_a.hdf5', '/path/to/data')
myfile['/b'] = h5py.ExternalLink('test_b.hdf5', '/path/to/data')
myfile.close()

myfile = h5py.File('test.hdf5', 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))
print(list(myfile[keys[1]]))
myfile.close()

打印（如预期）：

['a', 'b']
[0, 1, 2]
[3, 4, 5]

【讨论】：