使用 h5py 创建 HDF5 复合属性答案

【问题标题】：Creating HDF5 compound attributes using h5py使用 h5py 创建 HDF5 复合属性
【发布时间】：2020-05-27 05:13:13
【问题描述】：

我正在尝试创建一些简单的 HDF5 数据集，其中包含使用 h5py 的复合数据类型的属性。目标是具有两个整数的属性。这是我想创建的两个属性示例。

我的尝试最终得到一个包含两个值的数组，例如

如何使用 h5py 进行编码并获得包含两个整数的单个值？当前代码看起来像

dt_type = np.dtype({"names": ["val1"],"formats": [('<i4', 2)]})
# also tried   np.dtype({"names": ["val1", "val2"],"formats": [('<i4', 1), ('<i4', 1)]})
dataset.attrs.create('time.start', [('23', '3')], dtype=dt_type)

如何指定类型或属性 create 来获取第一个示例？

【问题讨论】：

你h5py 代码工作了吗？错误？属性不对？基本上 h5py 将 numpy 数组写入和读取到 HDF5 文件，并带有所需的翻译。
h5py 代码会生成不正确的属性。我还没有弄清楚产生 {int, int} 属性的神奇语法。

标签： python numpy hdf5 h5py

【解决方案1】：

要使用dt_type 创建一个数组，您必须正确嵌套列表和元组：

In [162]: arr = np.array([(['23','3'],)], dt_type)                                             
In [163]: arr                                                                                  
Out[163]: array([([23,  3],)], dtype=[('val1', '<i4', (2,))])

这是具有复合 dtype 的 (1,) 数组。 dtype 有 1 个字段，但该字段中有 2 个值。

使用替代数据类型：

In [165]: dt2 = np.dtype({"names": ["val1", "val2"],"formats": ['<i4', '<i4']})                
In [166]: arr2 = np.array([('23','3',)], dt2)                                                  
In [167]: arr2                                                                                 
Out[167]: array([(23, 3)], dtype=[('val1', '<i4'), ('val2', '<i4')])

或者最简单的数组：

In [168]: arr3 = np.array([23,2])                                                              
In [169]: arr3                                                                                 
Out[169]: array([23,  2])

写入数据集：

In [170]: ds.attrs.create('arr', arr)                                                          
In [172]: ds.attrs.create('arr2', arr2)                                                        
In [173]: ds.attrs.create('arr3', arr3)

检查获取：

In [175]: ds.attrs['arr']                                                                      
Out[175]: array([([23,  3],)], dtype=[('val1', '<i4', (2,))])
In [176]: ds.attrs['arr2']                                                                     
Out[176]: array([(23, 3)], dtype=[('val1', '<i4'), ('val2', '<i4')])
In [177]: ds.attrs['arr3']                                                                     
Out[177]: array([23,  2])

转储：

1203:~/mypy$ h5dump compound.h5
HDF5 "compound.h5" {
GROUP "/" {
   DATASET "test" {
      DATATYPE  H5T_STD_I64LE
      DATASPACE  SIMPLE { ( 10 ) / ( 10 ) }
      DATA {
      (0): 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
      }
      ATTRIBUTE "arr" {
         DATATYPE  H5T_COMPOUND {
            H5T_ARRAY { [2] H5T_STD_I32LE } "val1";
         }
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1 ) / ( 1 ) }
         DATA {
         (0): {
               [ 23, 3 ]
            }
         }
      }
      ATTRIBUTE "arr2" {
         DATATYPE  H5T_COMPOUND {
            H5T_STD_I32LE "val1";
            H5T_STD_I32LE "val2";
         }
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1 ) / ( 1 ) }
         DATA {
         (0): {
               23,
               3
            }
         }
      }
      ATTRIBUTE "arr3" {
         DATATYPE  H5T_STD_I64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 2 ) / ( 2 ) }
         DATA {
         (0): 23, 2
         }
      }
   }
}
}

【讨论】：