如何使用 HDF.Pinvoke 读取 HDF5 数据集？答案

【问题标题】：How to read HDF5 dataset with HDF.Pinvoke?如何使用 HDF.Pinvoke 读取 HDF5 数据集？
【发布时间】：2019-06-24 13:47:21
【问题描述】：

我开始使用这个https://github.com/HDFGroup/HDF.PInvoke 来处理 HDF5 文件。但是文档很差。我想读取数据集。我使用这个功能： H5D.read(...)。这个函数的最后一个参数是buf，它的类型是System.IntPtr。我对那个参数有问题。你能帮我举例说明如何读取整个数据集以及如何定义这个参数吗？我要读取的数据集是浮点的 3 维数组。我用 VB.net 编写，但 C# 中的示例也可以。非常感谢。

【问题讨论】：

标签： vb.net hdf5 hdf

【解决方案1】：

所以，我根据这个写了一个解决方案：https://github.com/HDFGroup/HDF.PInvoke/wiki/Cookbook-:-Strings

在上面的链接中读取字符串的一维数据集。

我的方案是通用的（除了BitConverter部分），可以读取各种维度和数据类型的数据集：

    Dim dsID = H5D.open(hdf5fileId, dsname, H5P.DEFAULT)

    Dim spaceID = H5D.get_space(dsID)
    Dim typeID = H5D.get_type(dsID)
    Dim rank = H5S.get_simple_extent_ndims(spaceID)
    Dim dims(rank - 1) As ULong
    Dim maxDims(rank - 1) As ULong
    H5S.get_simple_extent_dims(spaceID, dims, maxDims)
    Dim sizeData = H5T.get_size(typeID)
    Dim size = sizeData.ToInt32()
    Dim bytearray_elements = 1
    For i = 0 To dims.Length - 1
        bytearray_elements *= dims(i)
    Next
    Dim dataBytes(bytearray_elements * CULng(size)) As Byte

    Dim pinnedArray As GCHandle = GCHandle.Alloc(dataBytes, GCHandleType.Pinned)

    H5D.read(dsID, typeID, H5S.ALL, H5S.ALL, H5P.DEFAULT, pinnedArray.AddrOfPinnedObject())
    pinnedArray.Free()

    ' Read all dataset in loop, val by val
    For i = 0 To bytearray_elements-1:
        Dim slice = idlist_byte.Skip(i * size).Take(size).ToArray()
        Dim val = BitConverter.ToSingle(slice, 0)
    Next

【讨论】：

应该先安装 NuGet HDF.PInvoke 吗？什么“使用？？”应该用吗？
@DougNull 是的，你应该先安装它。您应该使用“使用 HDF.PInvoke”。