如何将数据从 Grad 导出到 .csv 文件或从 NetCDF 导出到 .csv？答案

【问题标题】：How can I export data from GrADs to a .csv file or from NetCDF to .csv?如何将数据从 Grad 导出到 .csv 文件或从 NetCDF 导出到 .csv？
【发布时间】：2014-01-09 10:13:47
【问题描述】：

我在将数据从 GrADS 导出到 .csv 文件时遇到了很大的困难，尽管它应该很容易。有问题的文件来自与亚洲降雨量有关的 APHRODITE 项目。基本上我可以使用以下方法将该文件读入 GrADS：

open d:/aphro/aphro.ctl

它告诉我：

Data file d:/aphro/APHRO_MA_025deg_V1101R2.%y4 is open as file 1
Lon set to 60.125 149.875
Lat set to -14.875 54.875
Lev set to 1 1
Time values set: 1961:1:1:0 1961:1:1:0
E set to  1 1

如果我执行：

q ctlinfo

它还告诉我我有三个变量：

precip 1 0 daily precipitation analysis
rstn 1 0  ratio of 0.05 degree grids with station
flag 1 0 ratio of 0.05 degree grids with snow

好的，现在我要做的就是在 .csv 文件（或 .txt）文件中生成一个列表，其中包含以下信息：

Precipitation   Lon    Lat   Time(date)

听起来很简单，但我就是做不到。一种方法是使用：

fprintf precip d:/output.csv %g 1

这为我提供了一个 .csv 文件，其中包含当天的全部数据在一长列中（这是我想要的）。我也可以对不同文件中的 lon 和 lat 做同样的事情并将它们组合起来。问题是输出文件需要很长时间 - 如果您不介意很多列，它会更快，但这会变得难以管理。基本上这种方法太慢了。

另一种方法是通过以下方式将数据导出为 NetCDF 文件：

Set sdfwrite -4d d:/output.nc
define var = precip
sdfwrite precip

这会很快写入一个名为 output.nc 的文件，其中包含我需要的所有数据。然后使用 R 我可以单独读取所有变量，例如

f <- open.ncdf("D:/aphro/test.nc")
A <- get.var.ncdf(nc=f,varid="time")
B <- get.var.ncdf(nc=f,varid="rain")
D <- get.var.ncdf(nc=f,varid="lon")
E <- get.var.ncdf(nc=f,varid="lat")

但我想要的是制作一个输出文件，其中每一行告诉我时间、降雨量、经度和纬度。我尝试了 rbind，但它没有将正确的时间（日期）与正确的雨量相关联，并且类似地弄乱了 lon 和 lat，因为有数十万个降雨数据但只有几个日期，只有 360 lon 点和 280纬度点（即降雨数据是几天内每天的数据网格）。我相信这应该很容易，但怎么做呢？

请帮忙

托尼

【问题讨论】：

我也在处理 NetCDF 文件（来自 TRMM 的降雨数据...）我通过 spacetime 数据包创建了 STFDF 文件b>raster 数据包brick 功能。给了我充分的空间和时间灵活性，并且易于处理等。抱歉，我现在真的不能写一个例子
试试 cbind(expand.grid(get.var.ncdf(nc=f,varid="lon"), get.var.ncdf(nc=f,varid="lat"), get .var.ncdf(nc=f,varid="time")), get.var.ncdf(nc=f,varid="rain")) 但没有更好的文件描述我们只能猜测。
对于信息，我通过使用 cbind 和 get.var.ncdf 方法解决了这个问题。首先，我在 Grads 中设置时间：设置 t 1 365 即第一年的数据，并使用 sdfwrite 输出。使用 R 并加载 NCDF 库，我使用 get.var.ncdf 读取变量，经度和纬度。然后我使用 cbind(expand.grid(lon,lat)) 扩展了 lon 和 lat 的网格，并扩展了变量，即 expand.grid(variable)。然后我从变量中选择了一天的价值，并再次使用 cbind 将其与 lon、lat 数据相结合 - 并每天重复。

标签： r csv netcdf grads

【解决方案1】：

据我所知，您可以通过同时使用气候数据运算符和 R 将 Grad 文件更改为 NetCDF 文件。详情请见here。此外，可以将 NetCDF 文件转换为 .csv 文件。为此，我提供了一个虚拟代码。

library(ncdf)
nc <- open.ncdf("foo.nc")             #open ncdf file and read variables
lon <- get.var.ncdf(nc, "lon")         # Lon lat and Time
lat <- get.var.ncdf(nc, "lat")
time <- get.var.ncdf(nc, "time")
dname <- "t"                         # name of variable which can be found by using print(nc)
nlon <- dim(lon)
nlat<- dim(lat)
nt<- dim(time)
lonlat <- expand.grid(lon, lat)    # make grid of given longitude and latitude 
mintemp.array <- get.var.ncdf(nc, dname)
dlname <- att.get.ncdf(nc, dname, "long_name")
dunits <- att.get.ncdf(nc, dname, "units")
fillvalue <- att.get.ncdf(nc, dname, "_FillValue")
mintemp.vec.long <- as.vector(mintemp.array)
mintemp.mat <- matrix(mintemp.vec.long, nrow = nlon * nlat, ncol = nt)
mintemp.df <- data.frame(cbind(lonlat, mintemp.mat))
options(width = 110)
write.csv(mintemp.df, "mintemp_my.csv")

希望它能解释你的问题。

【讨论】：