ncap2：加载共享库时出错：libnetcdf.so.7：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录

Question

我尝试在远程服务器 (RHEL 7.8) 中安装 nco，但我不是 root，这意味着我无法在终端中使用 sudo 或 yum。然后我按照 nco (http://nco.sourceforge.net/src/) 主页上的说明进行操作，其中建议使用预构建方式。所以我使用了 conda 方法。但是我用conda install -c conda-forge nco的时候，速度太慢了。最后我被告知解决环境不成功。之后，我在 conda 中搜索了 nco，在 https://anaconda.org/conda-forge/nco 中，我被告知 conda install -c conda-forge/label/broken nco 可以。是的，安装完成。但是当我想使用命令ncap2时，我被告知

ncap2: error while loading shared libraries: libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory

我检查了我的LD_LIBRARY_PATH，但找不到指向 libnetcdf.so.7 的链接。我使用find 命令来查找 libnetcdf.so.7 的位置，但如您所知，我在服务器上运行，因此大多数访问都被拒绝。这是我的~/.bashrc：

export PATH="/home/xushan/anaconda3/bin:$PATH"
export PATH="$PATH:/home/xushan/openmpi/bin"
#export PATH= "$HOME/openmpi/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/xushan/openmpi/lib"
export VER_MPI="NOMPI"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/xushan/SURFEX_v8_1_public/open_SURFEX_V8_1/src/LIB"
#export VER_USER="FORC"
export PATH="/home/xushan/anaconda3/bin/ncdump:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/xushan/anaconda3/lib"

有一点很奇怪，当我ls 到/usr/local/lib 时，什么都没有…… 那么有什么方法可以帮助我完成安装吗？我尝试了http://nco.sourceforge.net/src/中建议的以下命令：

wget https://github.com/nco/nco/archive/4.9.4.tar.gz
tar xvzf 4.9.4.tar.gz
cd nco-4.9.4
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
export PATH=/usr/local/bin\:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib\:${LD_LIBRARY_PATH}

但是当我运行./configure --prefix=/usr/local 时，我被告知

checking for /opt/local/include/netcdf.h... no
checking for /opt/local/lib/libnetcdf.a... no
checking netcdf.h usability... no
checking netcdf.h presence... no
checking for netcdf.h... no
configure: error: in `/home/xushan/nco-4.6.3':
configure: error: cannot find netCDF header
See `config.log' for more details

那么有人可以帮助我吗？多谢！ （问题是我找不到libnetcdf.so.7在哪里......我是在远程服务器上编译东西的初学者......特别是普通用户禁止使用苏打水和百胜......）

Answer 1

您可以为nco 创建一个新的conda 环境。它的依赖项可能与您当前环境中的某些程序发生冲突。

conda create -n myenv -c conda-forge python=3 nco
conda activate myenv
ncap2

20200914 更新：响应以下后续 cmets，请理解 Conda 只是 NCO 的一个不错的安装程序，并确保您将所有依赖项和库放在一个地方。只要 Conda bin 和 lib 目录首先出现在您的路径中，Conda 安装的 NCO 运行良好，无论是否包含 Bash 脚本。