使用 xarray 为变量分配新坐标答案

【问题标题】：Assign new coordinates to a variable using xarray使用 xarray 为变量分配新坐标
【发布时间】：2019-01-17 02:40:15
【问题描述】：

我在 xarray 中以数据集的形式打开了一个 .nc 文件，其结构如下：

ds

<xarray.Dataset>
Dimensions:    (lat: 733, lon: 720, time: 204)
Coordinates:
  * time       (time) int16 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...
Dimensions without coordinates: lat , lon
Data variables :
    latitude   (lat) float32 56.0 55.9917 55.9833 55.975 55.9667 55.9583 ...
    longitude  (lon) float32 -11.0 -10.9917 -10.9833 -10.975 -10.9667 ...
    n2o        (lat, lon, time) float64 nan nan nan nan nan nan nan nan nan ...
    co2        (lat, lon, time) float64 nan nan nan nan nan nan nan nan nan ...
    no3        (lat, lon, time) float64 nan nan nan nan nan nan nan nan nan ...
    ch4        (lat, lon, time) float64 nan nan nan nan nan nan nan nan nan ...
    soc        (lat, lon, time) float64 nan nan nan nan nan nan nan nan nan ...

此文件存在问题，变量（n2o、co2 等）的坐标不正确，与它们关联的 lat 和 lon 错误。我想将“纬度”和“经度”数据变量（包含正确值）分配为其他变量（n2o、co2 等）的坐标，以替换“纬度”和“经度”。我不确定这是否可能。

“纬度”变量如下所示：

<xarray.Variable (lat: 733)>
array([ 56.      ,  55.991665,  55.98333 , ...,  49.915367,  49.907032,
    49.898697], dtype=float32)
Attributes:
    units:      degrees of latitude North to South in 30 arc seconds steps
    long_name:  latitude

ds.co2.lat 维度如下所示：

<xarray.DataArray 'lat' (lat: 733)>
array([  0,   1,   2, ..., 730, 731, 732], dtype=int64)
Dimensions without coordinates: lat

我试过了：

newlat = ds.variables['latitude'][:]

ds.co2['latitude'] = newlat

这似乎没有任何作用 - 我不确定下一步该做什么。

【问题讨论】：

标签： python netcdf python-xarray

【解决方案1】：

您可能正在寻找rename 和set_coords 方法。您所看到的是 xarray 无法确定纬度/经度是否是坐标变量。解决方案是首先重命名纬度/经度变量，然后将这些变量关联为坐标。

In [10]: ds = xr.Dataset({'a': xr.Variable(('lon', 'lat'), np.random.random((4, 5))), 'b': xr.Variable(('lon', 'lat'),np.random.random((4, 5))), 'longitude':
    ...:  xr.Variable('lon', [1, 2, 3, 4]), 'latitude': xr.Variable('lat', [1, 2, 3, 4, 5])})

In [11]: ds
Out[11]:
<xarray.Dataset>
Dimensions:    (lat: 5, lon: 4)
Dimensions without coordinates: lat, lon
Data variables:
    a          (lon, lat) float64 0.8694 0.5929 0.04661 0.9571 0.1814 ...
    b          (lon, lat) float64 0.8893 0.5772 0.8457 0.8337 0.7966 0.1619 ...
    longitude  (lon) int64 1 2 3 4
    latitude   (lat) int64 1 2 3 4 5

In [12]: ds.rename({'latitude': 'lat', 'longitude': 'lon'}).set_coords(['lon', 'lat'])
Out[12]:
<xarray.Dataset>
Dimensions:  (lat: 5, lon: 4)
Coordinates:
  * lon      (lon) int64 1 2 3 4
  * lat      (lat) int64 1 2 3 4 5
Data variables:
    a        (lon, lat) float64 0.8694 0.5929 0.04661 0.9571 0.1814 0.01788 ...
    b        (lon, lat) float64 0.8893 0.5772 0.8457 0.8337 0.7966 0.1619 ...

【讨论】：