使用 xarray open_mfdataset 函数时出错

Question

我正在尝试合并多个相同尺寸的netCDF文件，它们的尺寸如下：

OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])
OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])
OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])
OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])
OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])
OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])
OrderedDict([(u'lat', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 720
), (u'lon', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 1440
), (u'time', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 96
), (u'nv', <type 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'nv', size = 2
)])

但是，在使用 open_mfdataset 时，我收到此错误：

xr.open_mfdataset(path_file, decode_times=False)

*** ValueError: cannot infer dimension to concatenate: supply the ``concat_dim`` argument explicitly

如何解决这个错误？我的尺寸在所有文件中都相同

Answer 1

http://xarray.pydata.org/en/stable/generated/xarray.open_mfdataset.html

xarray.open_mfdataset(paths, chunks=None, concat_dim=None, preprocess=None, engine=None, lock=None, **kwargs)

看起来它需要你提供一个concat_dim 参数。它无法从您的数据中推断出来。

连接文件的维度。此参数与数据集对象一起传递给 xarray.auto_combine()。仅当您要连接的维度不是原始数据集中的维度时，您才需要提供此参数，例如，如果您希望沿第三个维度堆叠二维数组的集合。

这些 3d 数组是否要沿新的第四维度堆叠？

Answer 2

出现此错误消息可能是因为您有两个具有相同变量和坐标值的文件，而 xarray 不知道是否应该将它们沿新维度堆叠在一起，或者只是检查以确保没有值冲突。

如果用concat_dim=None 显式调用open_mfdataset 禁用所有连接尝试会很好。 This change 应该会在下一个版本的 xarray (v0.9.0) 中使用。

与此同时，您可以通过单独打开文件并明确合并它们来解决此问题，例如，

def open_mfdataset_merge_only(paths, **kwargs):
    if isinstance(paths, basestring):
        paths = sorted(glob(paths))
    return xr.merge([xr.open_dataset(path, **kwargs) for path in paths])

在幕后，这基本上就是open_mfdataset 所做的一切。