在 R 中使用 cdfextract 时出错（clim.pact 包）答案

【问题标题】：error using cdfextract in R (clim.pact package)在 R 中使用 cdfextract 时出错（clim.pact 包）
【发布时间】：2015-08-26 09:51:47
【问题描述】：

我在使用 R 方面相当新，我目前正在尝试使用它来提取 netCDF 文件特定区域的数据并将其转换为 csv。最终，我希望对我感兴趣的领域的每个变量都有一个时间序列。

我已经为 R 下载了包 ncdf 和 clim.pact，并且由于我的 netCDF 文件很大（25 年的每日数据），我想我应该能够为我感兴趣的区域提取数据使用 cdfextract，然后我会将较小的文件转换为 csv。但是，当我尝试运行它时，我不断收到相同的错误。这是我一直在使用的脚本和出现的错误：

cdfextract("file.nc","tas", x.rng=c(-93, -85), y.rng=c(16, 23),t.rng=c(1, 9125))

[1] "time.origin= 0850 年 1 月 1 日" 系统错误（“rm -f cdfcont.txt”，实习生 = TRUE）：找不到“rm”

我的文件是file.nc，感兴趣的变量是tas。我认为这可能与时间格式有关，但是当我检查文件的时间单位时，它说它是“自 0850 年 1 月 1 日以来的天数”，所以我认为单位是正确的。

无论如何，任何关于这个问题的 cmets 都会非常受欢迎！谢谢！

【问题讨论】：

标签： r csv netcdf

【解决方案1】：

如果你不必使用 R，你可以使用 NCO 包中的ncks：http://nco.sourceforge.net/nco.html#ncks-netCDF-Kitchen-Sink

ncks 是一个出色的命令行工具，用于从 netCDF 文件中提取数据。通常，您可以在某些纬度/经度范围内提取变量，然后使用以下方式将该数据输出到 .csv 文件中：

ncks -v tas -d lat,16.,23. -d lon,-93.,-85. -s '%f\n' file.nc > output.csv

我不知道您是否首先需要 tas 的面积平均值，然后是 .csv 文件中该面积平均值数量的时间序列。如果是这样，您需要先使用ncwa 执行区域平均：http://nco.sourceforge.net/nco.html#Averaging

【讨论】：

谢谢！这是一个很好的建议，我不必使用 R，但由于我已经使用了几次 R，然后我才认为我会从那里开始。但是那个包听起来可以解决问题，我会试一试！
感谢您指出 ncks 包，它绝对可以解决问题！我最终从nco.sourceforge.net/src/nco-4.2.0.windows.mvs.exe 下载了适用于 Windows 的 NCO。
太棒了！无论您何时使用 netCDF 数据，NCO 都是一个很好的起点。将来处理此类数据时，请记住这一点。