RasterStack 数学和条件语句的限制答案

【问题标题】：Limitations with RasterStack math and conditional statementsRasterStack 数学和条件语句的限制
【发布时间】：2020-07-06 08:57:57
【问题描述】：

我有一个大的 RasterStack（114 个 geotiff 图像），我已经在 R 中成功地进行了地理处理（屏蔽等），但是我很难让它对每个光栅应用一个简单的条件语句（所有光栅层都是相同的范围、分辨率和共同注册）。我想将小于每个栅格最大值 95% 的所有像素值设置为 NA。例如，如果图层的最大值为 85，则像素值

#Get max value from each raster layer
r_max <- maxValue(rstack)

#Set all values < 95% of max to NA
rstack[rstack < (r_max * 0.95)] = NA

当我在整个光栅堆栈上运行此代码时，我得到“值错误 [j, ]：维数不正确”。但是，如果我在较小的集合（14 个左右）上运行它，它会完全按照它应该的方式运行。因为我已经成功地在整个堆栈上执行了许多类似的操作（其他条件语句、屏蔽等）而没有错误，所以我不确定它为什么现在会抛出这个错误。有任何想法吗？

如果之前已经讨论过这个问题，我深表歉意，但我找不到这样的帖子。如果确实存在，请向我指出那个方向。

谢谢

【问题讨论】：

标签： r raster

【解决方案1】：

这是一个最小的可重现示例：

library(raster)
s <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
cutoff <- maxValue(s) * .95
cutoff
#[1] 242.25 242.25 242.25

现在你可以这样做了：

s[s < cutoff] = NA
s
#class      : RasterBrick 
#dimensions : 77, 101, 7777, 3  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#resolution : 1, 1  (x, y)
#extent     : 0, 101, 0, 77  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs        : +proj=merc +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
#source     : memory
#names      : red, green, blue 
#min values : 243,   243,  243 
#max values : 255,   255,  255

但是当 RasterStack 很大（并且需要写入文件）时会出现一个错误 --- 这就是您偶然发现的。我们可以用rasterOptions(todisk=TRUE)模拟这种情况：

rasterOptions(todisk=TRUE)
s[s < cutoff] = NA
#Error in value[j, ] : incorrect number of dimensions

我会尝试解决这个问题。这是解决方法：

s <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
cutoff <- maxValue(s) * .95
x <- sapply(1:nlayers(s), function(i) reclassify(s[[i]], cbind(-Inf, cutoff[i], NA)))
x <- stack(x)

【讨论】：