如何在 Python 中取消引用 HDF5 引用？

Question

有时我会从我的 HDF5 文件中获得以下数组：

val1 = {ndarray} [<HDF5 object reference> <HDF5 object reference> <HDF5 object reference>]

如果我尝试使用 HDF5 文件对象取消引用它

f[val[0]]

我收到一个错误

Argument 'ref' has incorrect type (expected h5py.h5r.Reference, got numpy.object_)

Answer 1

我在尝试以另一种形式回答基本上是the same question 时遇到了这个问题。包含对其他对象的引用的数据集在 HDF5 中有点尴尬，但实际上您可以通过非常简单的方式读取它们。这个想法是获取引用对象的name，然后直接从文件中读取该对象。

给定一个 HDF5 引用 ref 和一个文件 file，您可以通过以下方式返回引用数据集的名称：

>>> name = h5py.h5r.get_name(ref, file.id)

然后像往常一样读取实际数据集本身：

>>> data = file[name].value # ndarray with the data in it.

所以要读取所有引用的数据集，只需map 整个引用数据集的这个过程。