如何列出 h5py 文件中的所有数据集？答案

【问题标题】：How to list all datasets in h5py file?如何列出 h5py 文件中的所有数据集？
【发布时间】：2017-12-06 13:56:40
【问题描述】：

我有一个存储 numpy 数组的 h5py 文件，但是当我尝试使用我记得的数据集名称打开它时，我得到了Object doesn't exist error，那么有没有办法可以列出该文件有哪些数据集？

   with h5py.File('result.h5','r') as hf:
        #How can I list all dataset I have saved in hf?

【问题讨论】：

Python3 的解决方案在这里stackoverflow.com/questions/31037088/…

标签： h5py

【解决方案1】：

由于使用keys() 函数只会为您提供顶级键，并且还会包含组名和数据集（正如Seb 已经指出的那样），您应该使用visit() 函数（如建议的那样） jasondet) 并只保留指向数据集的键。

这个答案是 jasondet 和 Seb 对一个简单函数的答案的合并：

def get_dataset_keys(f):
    keys = []
    f.visit(lambda key : keys.append(key) if isinstance(f[key], h5py.Dataset) else None)
    return keys

【讨论】：

这完全用非常简洁的代码解决了我的问题 :) 我猜isinstance(f[key], h5py.Dataset) 可能会更好，以防f[key] 是从h5py.Dataset 继承的类的实例，尽管这可能很少发生.
@ajz34 你完全正确，我根据你的建议修改了我的答案，谢谢:)

【解决方案2】：

如果您在命令行，请按照其他人的建议使用h5ls -r [file] 或h5dump -n [file]。

在python中，如果你想在最上面的组下面列出，但又不想编写自己的代码来下降树，试试 visit() 函数：

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    hf.visit(print)

或者对于更高级的东西（例如包含属性信息）使用 visititems：

def printall(name, obj):
    print(name, dict(obj.attrs))

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    hf.visititems(printall)

【讨论】：

【解决方案3】：

其他答案只是告诉你如何制作根组下的键列表，它可能引用其他组或数据集。

如果你想要更接近 h5dump 但在 python 中的东西，你可以这样做：

import h5py

def descend_obj(obj,sep='\t'):
    """
    Iterate through groups in a HDF5 file and prints the groups and datasets names and datasets attributes
    """
    if type(obj) in [h5py._hl.group.Group,h5py._hl.files.File]:
        for key in obj.keys():
            print sep,'-',key,':',obj[key]
            descend_obj(obj[key],sep=sep+'\t')
    elif type(obj)==h5py._hl.dataset.Dataset:
        for key in obj.attrs.keys():
            print sep+'\t','-',key,':',obj.attrs[key]

def h5dump(path,group='/'):
    """
    print HDF5 file metadata

    group: you can give a specific group, defaults to the root group
    """
    with h5py.File(path,'r') as f:
         descend_obj(f[group])

【讨论】：

【解决方案4】：

只是为了显示底层数据集的名称，我会简单地使用h5dump -n <filename>

即无需运行 python 脚本。

【讨论】：

【解决方案5】：

如果你想列出键名，你需要使用给你一个键对象的keys()方法，然后使用list()方法列出键：

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    dataset_names = list(hf.keys())

【讨论】：

【解决方案6】：

你必须使用keys方法。这将为您提供数据集和组名称的 unicode 字符串列表。例如：

Datasetnames=hf.keys()

另一种基于 gui 的方法是使用 HDFView。 https://support.hdfgroup.org/products/java/release/download.html

【讨论】：