如何使用低级 Python API 关闭 HDF5？答案

【问题标题】：How to close an HDF5 using low level Python API?如何使用低级 Python API 关闭 HDF5？
【发布时间】：2017-02-20 15:24:44
【问题描述】：

我能够通过结合以下堆栈溢出问题中定义的高级和低级 Python h5py API 来修改 HDF5 文件的缓存设置：How to set cache settings while using h5py high level interface?

当我尝试重命名文件时，我收到一条错误消息，提示 h5 文件仍处于打开状态。在 HDF5 写入操作完成并刷新文件后，带有 contextlib 的 Python“with”语句似乎没有关闭文件。如何确保使用低级或高级 API 关闭文件？你能举个例子吗？

import h5py
import contextlib
import os

filename = 'foo_2.h5'
propfaid = h5py.h5p.create(h5py.h5p.FILE_ACCESS)
settings = list(propfaid.get_cache())
settings[2] *= 5
propfaid.set_cache(*settings)

with h5py.File(filename, 'w') as hf:
    print 'file created'

with contextlib.closing(h5py.h5f.open(filename, fapl=propfaid)) as fid:

    f = h5py.File(fid)
    f.flush()

    # f.close() Seems to be working only in Python 3.4.3 but not in 2.7.7
    #and the "with contextlib.closing(...)  does not work on either version
    f.close()

os.rename(filename, 'foo_2.h5')

其他信息：
操作系统：Windows
Python：2.7.7
Anaconda 发行版：2.0.1
H5py版本：2.3.0

【问题讨论】：

确切的错误信息是什么？
WindowsError: [错误 32] 该进程无法访问该文件，因为它正被另一个进程使用
如果在代码中的其他位置打开文件（但未关闭），您可能会收到此错误。或者，如果某个其他进程（例如 virus checker or some other application 已打开文件。）您可以尝试使用 Unlocker or Process Explorer 查看哪些应用程序已打开文件。我在您发布的代码中没有看到任何错误。它本身不会引发错误（至少对于我在 linux 上不会）。
我添加了一个用于测试的工作脚本。你的 linux 机器上运行的是哪个版本的 Python？
谢谢。我已经打开了问题Unable to close an HDF5 using low level Python API

标签： python anaconda hdf5 h5py

【解决方案1】：

我认为您正在寻找 .close()

f.close()

虽然仔细观察，但我不确定为什么 contextlib.closing(...) 不起作用。

我将涉及 contextlib 的行编辑为：

with contextlib.closing(h5py.File(filename, fapl=propfaid)) as fid:

并删除

f = h5py.File(fid)

之后，我可以检查 fid 是否已关闭并且重命名文件是否按预期工作。

print fid
<Closed HDF5 file>

os.rename(filename, 'foo2.hdf5')

没有错误，目录检查显示新名称

【讨论】：

我尝试使用 f.close() 但它不起作用。它会在 fid 中引发错误。
它对用户 unutbu 有效，但我仍然遇到和你一样的问题。
@zd5151 我对您的代码进行了一些更改，这反映在我的回答中。该代码适用于我使用 python 2.7.11 和 h5py 2.5.0