如何从 HDF5 文件制作 RasterBrick？ R

Question

如何从多个hdf5 文件中生成R 中的Rasterbrick？通常，数据以hdf5 格式提供，必须将其转换为更友好的格式以便于处理。

目前我知道rhdf5 package，但我不确定如何获得RasterBrick。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
library("rhdf5")
library("raster")

您可以通过此链接http://mirador.gsfc.nasa.gov/cgi-bin/mirador/cart.pl?C1=GPM_3IMERGHH&CGISESSID=fb3b45e091f081aba8823f3e3f85a7d9&LBT_THRESHOLD=4000000 访问多个 hdf5 文件。

您可以使用两个文件进行说明。

谢谢！

AT。

Answer 1

一种选择是使用gdalUtils 将hdf5 文件转换为GTiff。一旦你这样做了，你就可以在堆栈中阅读它们。这是一个示例代码：

# list all the `hdf5` files 
files <- list.files(path=".", pattern=paste(".*.h5",sep=""), all.files=FALSE, full.names=TRUE)
#choose the band that you want using the sds[] option and write GTiff files.
  for (i in (files)) {
  sds <- get_subdatasets(i)
  r2 <- gdal_translate(sds[1], dst_dataset =paste(i,".tif",sep=""))}