为什么我不能替换合并数据框中的值？

Question

我有两个dataframes如下：

df1 <- read.table(text = "Source    Signal  Target
A   no  B
B   yes C
C   no  D
D   no  A
E   yes F
F   yes G
G   no  E", header = T)

df2 <- read.table(text = "Source    Signal  Target
A   no  B
B   yes C
E   yes F
F   yes G", header = T)

我将df1 和df2 合并：interactions <- merge(df1, df2) 然后我尝试将match 每个Source 和Target 与df3 合并。

df3 <- read.table(text = "Symbol    ID  Name
A   11  LetterA
C   13  LetterC
D   14  LetterD
F   16  LetterF
G   17  LetterG", header = T)

我得到以下输出：

Source
     Symbol   ID    Name
1         A   11    LetterA
NA     <NA>   NA    <NA>
NA.1   <NA>   NA    <NA>
4         F   16    LetterF

所以我想replaceNA 与df2 中显示的“原始”输入并获得如下输出：

Symbol  ID   Name
  A     11   LetterA
  B     NA   B
  E     NA   E
  F     16   LetterF

我试过了：

Source <- df3[match(interactions$Source, df3$Symbol),-4]
my.na <- is.na(Source$Name)
Source$Name[my.na] <- interactions$Source[my.na]
Source$Symbol[my.na] <- interactions$Source[my.na]

但我得到的是数字而不是字符。有什么我想念的吗？ 是否可以在不使用任何库的情况下替换合并值？

Answer 1

您的问题是，默认情况下，read.table 将字符串转换为存储为整数的因子，这些因子映射到查找表。因此，当您尝试将它们插入Source 时，它实际插入的是该因子的整数值。您可以通过在您的read.table 调用中添加参数：stringsAsFactors = F 来解决此问题，以便将那里的数据保存为字符串。现在，当您使用 match 将值插入 Source 时，它将插入字符串，而不是因子数字。

如果您仍然遇到问题，您可能还需要将Source 中的变量转换为字符而不是因子。你可以这样做：

# Base R:
Source$Symbol <- as.character(Source$Symbol)
Source$Name <- as.character(Source$Name)

# Dplyr:
library(dplyr)
Source <- Source %>%
    mutate_if(is.factor, as.character)