迭代文件并将值添加到 python 字典答案

【问题标题】：Iterating over files and adding values to python dictionary迭代文件并将值添加到 python 字典
【发布时间】：2020-02-19 22:46:54
【问题描述】：

我有一组 50 个文本文件，全部设置有第一行标题，第一列是基因名称，其余列是每个基因的值。我也有一个官方的基因列表文本文件。我想使用官方的基因名称列表来构建一个字典，然后遍历文件，确定每一行的基因名称是否与字典中的基因名称匹配，如果匹配，则将字典值附加到来自的附加值实验文件。

所以实验文件是这样的：

GENE    Exp1    Exp2
geneA   12      34
geneB   42      10
geneC   42      10

官方的基因列表是这样的：

GENE    
geneA   
geneC

我尝试过使用 defaultdict 和以下代码（仅用于一个实验文件，但以后可以迭代更多）：

combo = {}

with open('official_gene_list.txt', 'r') as f:
    f.readline()
    for line in f:
        name = line.split('\n')[0]
        combo[name]={}

with open('expeirmenta1_file.txt', 'r') as g:
for each in g:
    name2 = each.split('\t')[0]
    data = each.rstrip('\n').split('\t')[1:]
    for name2 in combo:
        combo[name2].append(data)

但是每当我这样做时，字典就很好了，但是我收到以下错误：

AttributeError: 'dict' object has no attribute 'append'

我也尝试过使用 defaultdict()：

from collections import defaultdict
combo = defaultdict(list)
with open('gene_orf_updated2.txt', 'r') as f:
    f.readline()
    for line in f:
        name = line.split('\n')[0]
        combo[name]={}
with open('GSE139_meanCenter_results.txt', 'r') as g:
    for each in g:
        name2 = each.split('\t')[0]
        data = each.rstrip('\n').split('\t')[1:]
        for name2 in combo:
            combo[name2].append(data)

我得到同样的错误，关于“dict”对象没有属性“append”。

我以前制作过字典，但从未尝试像这样将新值附加到现有键。这可能吗？任何帮助或建议将不胜感激。

【问题讨论】：

我认为您混淆了字典和列表。您可以附加到列表，但不能附加到字典。所以你可能想要的是用一个空列表作为它的值来初始化每个键（基因名称），然后附加到那个列表
谢谢丹！这就是我所做的（按照这个和发布的其他建议），它似乎按预期工作！

标签： python dictionary append defaultdict

【解决方案1】：

你很接近这样做。

combo = {}

with open('gene_orf_updated2.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        name = line.split('\n')[0]
        combo[name]= []
with open('GSE139_meanCenter_results.txt', 'r') as g:
    for each in g:
        name2 = each.split('\t')[0]
        data = each.rstrip('\n').split('\t')[1:]
        if name2 in combo:
            combo[name2].append(data)

如果您想删除嵌套列表，请改为执行此操作。

combo[name2] += data

【讨论】：

【解决方案2】：

正如其他人指出的那样，您不能附加到字典。

d = {}

初始化 dict 后，您可以像这样添加新键

d['new'] = 9

您可以通过这样做覆盖现有的密钥

d['new'] = 10

在您的情况下，您可能想尝试创建列表的字典，然后附加到该列表中。

【讨论】：

【解决方案3】：

所以如果你想使用.append()，你需要确保你附加的字典值是一个列表。看起来您将其设置为combo[name]={}，因此您收到“dict has no attribute”错误。您可能应该尝试将 combo[name]={} 更改为 combo[name]=[] 以便稍后继续使用 append。

新的编辑修复逻辑：

for each in g:
    # name2 = each.split('\t')[0]
    data = each.rstrip('\n').split('\t')[1:]
    for key_name in combo: # For every 'value' (each individual list) in the dictionary
        combo[key_name].append(data) # Add the this lines data.

【讨论】：

谢谢！（我正在撤消编辑，因为您非常棒，可以回复）。我将每个数据值添加到组合字典中的每个名称中。知道为什么吗？
啊，我刚刚看了你的逻辑，明白你的意思。一秒
for each in g: name2 = each.split('\t')[0] data = each.rstrip('\n').split('\t')[1:] for name2 in combo: combo[name2].append(data)
所以我看了你的代码有点困惑，因为你使用了变量name2 两次。如果编辑仍然不是您想要的，请告诉我，我会修复它并解释如何获得您想要的。

【解决方案4】：

import pandas as pd

def print_file(f_name):
    print('\n\n'+f_name)
    print('*'*10)
    print(open(f_name,'r').read())

gene_fname = 'genes.txt'
print_file(gene_fname)
gene = pd.read_csv(gene_fname)
df_final = pd.DataFrame(gene)
df_final['combined'] = [list() for x in range(len(df_final.index))]

for val in ['values1.txt','values2.txt','values3.txt','values4.txt']:
    print_file(val)
    val_df = pd.read_csv(val,header=0,delim_whitespace=True)
    df_final = pd.merge(df_final,val_df,on='GENE',how='left')
    df_final['new'] = df_final.loc[:,df_final.columns.difference(['GENE','combined'])].values.tolist()
    df_final['combined'] = df_final['new']+df_final['combined']
    df_final.drop(df_final.columns.difference(['GENE','combined']),1,inplace=True)

df_final['combined'] = df_final['combined'].apply(lambda x: [int(i) for i in x if str(i) != "nan"])
print('\n\n')
print(df_final)

Output

【讨论】：