在 Fipy 中使用 Gmsh3D 导入网格时出现问题

Question

我正在尝试将先前使用 Gmsh3D 函数生成的 3D 网格导入 Fipy，如下所示：

mesh = Gmsh3D(join(output,'case_1.msh'),communicator=serialComm)

我收到与其他类似帖子相同的错误，但建议的解决方案似乎对我不起作用：

GmshException: Gmsh hasn't produced any cells! Check your Gmsh code.

Gmsh output:
Info    : Running 'gmsh C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmppouz68km.geo -3 -nopopup -format msh2 -o C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmp5es89ie5.msh' [Gmsh 4.6.0, 1 node, max. 1 thread]
Info    : Started on Wed May 05 10:22:49 2021
Info    : Reading 'C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmppouz68km.geo'...
Info    : Done reading 'C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmppouz68km.geo'
Info    : Meshing 1D...
Info    : Done meshing 1D (Wall 0s, CPU 0s)
Info    : Meshing 2D...
Info    : Done meshing 2D (Wall 0s, CPU 0s)
Info    : Meshing 3D...
Info    : Done meshing 3D (Wall 0s, CPU 0s)
Info    : 0 nodes 0 elements
Info    : Writing 'C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmp5es89ie5.msh'...
Info    : Done writing 'C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmp5es89ie5.msh'
Info    : Stopped on Wed May 05 10:22:49 2021 (From start: Wall 0.00999999s, CPU 0.03125s)

我正在使用 Fipy 3.4.2.1、Python 3.7.9 和 Gmsh 4.8.4 开发 Win10。

我尝试将 .msh 文件转换为 .msh2 文件，但随后出现以下错误：

IndexError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-47-38097a945970> in <module>
----> 1 mesh = Gmsh3D(join(output,'case_1.msh2'),communicator=serialComm) # Doesn't work

~\Anaconda3\envs\Ansys\Lib\site-packages\fipy\meshes\gmshMesh.py in __init__(self, arg, communicator, 
overlap, background)
   1991          self.cellGlobalIDs,
   1992          self.gCellGlobalIDs,
-> 1993          self._orderedCellVertexIDs_data) = self.mshFile.read()
   1994 
   1995         self.mshFile.close()

~\Anaconda3\envs\Ansys\Lib\site-packages\fipy\meshes\gmshMesh.py in read(self)
    815             parprint("Recovering coords.")
    816             parprint("numcells %d" % numCellsTotal)
--> 817             vertexCoords, vertIDtoIdx = self._vertexCoordsAndMap(cellsToGmshVerts)
    818 
    819             # translate Gmsh IDs to `vertexCoord` indices

~\Anaconda3\envs\Ansys\Lib\site-packages\fipy\meshes\gmshMesh.py in _vertexCoordsAndMap(self, 
cellsToGmshVerts)
   1008         allVerts     = nx.unique(nx.array(allVerts, dtype=nx.INT_DTYPE)) # remove dups
   1009         allVerts     = nx.sort(allVerts)
-> 1010         maxVertIdx   = allVerts[-1] + 1 # add one to offset zero
   1011         vertGIDtoIdx = nx.ones(maxVertIdx, 'l') * -1 # gmsh ID -> vertexCoords idx
   1012         vertexCoords = nx.empty((len(allVerts), self.coordDimensions))

IndexError: index -1 is out of bounds for axis 0 with size 0

当我使用.geo 文件时也会发生同样的情况。是网格本身的问题还是我对 Gmsh3D 做错了什么？任何帮助将不胜感激。

我首先尝试使用这个网格link，这是我希望使用的网格，但我不确定网格本身没有任何问题。因此，我尝试使用以下 .msh 文件：link 和相应的 .geo 文件：link，但均无效。

谢谢。

Answer 1

• 这一行输出

  Info    : Running 'gmsh C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmppouz68km.geo -3 -nopopup -format msh2 -o C:\Users\pcnou\AppData\Local\Temp\tmp5es89ie5.msh' [Gmsh 4.6.0, 1 node, max. 1 thread]
  

  意味着 FiPy 将 join(output,'case_1.msh') 的结果解释为 GEO 脚本，或者更准确地说，它无法在该位置找到文件，因此它假定字符串必须是 GEO 脚本。因为它是文件路径而不是 GEO 脚本，所以事情从那里往南走。

  我不知道为什么join(output,'case_1.msh') 不被视为您现有文件的路径。 output 是绝对路径还是相对路径？我建议检查您启动脚本的工作目录。

• 你提供的case_1_amplazer_pos10001.geo不是Gmsh geometry script，所以FiPy和Gmsh都无法读取。

• test.msh 和 case_1.msh 都是 4.1 版的 MSH 文件。 FiPy 无法读取这些。

• 你是如何转换成MSH2格式的？

  我用过

  gmsh -3 -format msh2 case_1.msh -o case_1.msh2
  

  FiPy 成功导入。