bash - 在子目录中重命名 fasta 标头和文件名 - 附加前缀

Question

我的文件结构的简化示例如下：

/Assemblies/A_velvet/contigs.fasta
/Assemblies/A_velvet/info.log
/Assemblies/BB_velvet/contigs.fasta
/Assemblies/BB_velvet/info.log

我正在尝试编写一个可以传递 Assemblies 目录的脚本 - 然后它将：

1. 遍历每个子目录 (A_velvet, BB_velvet) - 将菌株名称 (A, BB) 添加为所有文件的前缀 (即 A_contigs.fasta, A_file.log)。
2. 为 contigs.fasta 文件中的 fasta 标头添加相同的前缀。 也许使用 sed 命令替换 ('s/>NODE/>${name}/g')？

我发现了很多密切相关的问题，但似乎无法让它们发挥作用。很感谢任何形式的帮助！到目前为止，这是我的代码：

#!/bin/bash
#Run with: ./test.sh <assembly_directory>
#dir= directory with all assemblies inside it
dir=$1
for subdir in $dir 
do
    if [ -d "${subdir}" ]; then
    name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`;
    echo "${subdir} name ${name}"
         for * in $subdir;
        `do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done
    fi
done    

Answer 1

您循环浏览目录内容的方法不起作用。在第一种情况下，循环中的唯一项目是 $dir。我不确定您在第二种情况下要做什么。试试这样的：

dir=$1 
for subdir in `ls $dir` 
do
    if [ -d "${subdir}" ]; then
        name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`;
        echo "${subdir} name ${name}"
        for file in `ls $subdir`;
        do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done
    fi
done