'x' 必须是数字向量：来自数据的错误。数字帧

Question

我正在对文件/表中的两列运行 cor.test。

tmp <- read.table(files_to_test[i], header=TRUE, sep="\t")
## Obtain Columns To Compare ##
colA <-tmp[compareA]
colB <-tmp[compareB]
# sctr = 'spearman cor.test result'
sctr <- cor.test(colA, colB, alternative="two.sided", method="spearman")

但我遇到了这个令人困惑的错误......

Error in cor.test.default(colA, colB, alternative = "two.sided", method = "spearman") : 
'x' must be a numeric vector

列中的值是数字，但是

is.numeric(colA) = FALSE 
class (colA) = data.frame

我错过了什么？

Answer 1

在您的选择器前加一个逗号。当您在具有单个索引变量且不带逗号的 data.frame 对象中进行选择时，它会将一列提取为列表元素保留类型。因此，它仍然是一个data.frame。但是，data.frame 对象允许您使用矩阵样式表示法进行选择，然后您将获得一个简单的向量。所以就改变

colA <-tmp[compareA]
colB <-tmp[compareB]

到

colA <-tmp[,compareA]
colB <-tmp[,compareB]

我认为这更符合 data.frame 类型的精神，而不是双括号 ([[) 选择器，它会做一些类似的事情，但符合底层列表类型的精神。它们也与单个项目和行选择器无关。因此，在使用 data.frame 做多种事情的代码中，双括号选择器有点像一只奇怪的鸭子。

Answer 2

尝试使用tmp[[compareA]] 和tmp[[compareB]] 而不是单括号。您想提取数字向量，而您所做的是提取单列数据帧。比较以下：

> z <- data.frame(a=1:5,b=1:5)
> str(z["a"])
'data.frame':   5 obs. of  1 variable:
 $ a: int  1 2 3 4 5
> is.numeric(z["a"])
[1] FALSE
> str(z[["a"]])
 int [1:5] 1 2 3 4 5
> is.numeric(z[["a"]])
[1] TRUE

用cor.test试试这些：

单括号：错误如上。

> cor.test(z["a"],z["b"])
Error in cor.test.default(z["a"], z["b"]) : 'x' must be a numeric vector

双括号：有效。

> cor.test(z[["a"]],z[["b"]])

    Pearson's product-moment correlation

data:  z[["a"]] and z[["b"]] 
[snip snip snip]

正如@Aaron 在下面指出的那样，cor 将通过将单列数据帧转换为矩阵来很好地处理它们——但cor.test 不会。 （这可以在 r-devel@r-project.org 上提出，或者 ?? 作为愿望清单项目提交给 R 错误跟踪器...）

另请参阅：Numeric Column in data.frame returning "num" with str() but not is.numeric()、What's the biggest R-gotcha you've run across?（可能还有其他）