AWS lambda R 运行时分段错误

Question

我正在尝试创建一个运行时层，以便使用 R 作为 lambda 函数的运行时使用它们的 new runtime API。

为此，我创建了一个包含 R 所需的所有依赖项的层，然后创建了包含 R 本身的第二层。我使用运行 lambda 的相同 Amazon AMI 构建了这些层。我通过压缩图层、创建新实例、然后下载图层并将其解压缩到新实例中来测试我的构建（将所有内容放在 /opt 中，这也恰好是我在构建 R 及其依赖项时安装它们的地方） .我使用了资源最少的实例类型（2 cpu，4GB RAM）。据我了解，这应该非常接近 lambda 环境。

我有一个小测试脚本 (test.r)，它只是将一条消息打印到标准输出。 这在测试环境中运行良好。这是脚本：

cat("hello from planet lambdar")

这是在我的层的引导脚本中调用它的方式：

SCRIPT=$LAMBDA_TASK_ROOT/$(echo "$_HANDLER" | cut -d. -f1).r
  echo "About to run $SCRIPT"
  /opt/R/bin/Rscript $SCRIPT

从下面的日志中可以看出，脚本的名称被正确发送和解析。我之前已经确认脚本 test.r 按预期登陆 /var/task 。但是通过 lambda 运行此脚本会导致分段错误：

START RequestId: 2c1b8801-f903-11e8-a32d-796c039278f1 Version: $LATEST
About to run /var/task/test.r
/opt/bootstrap: line 18:    18 Segmentation fault      (core dumped) /opt/R/bin/Rscript $SCRIPT

我如何调试此分段错误，因为该进程在运行 lambda 使用的相同 Amazon AMI 的最小 EC2 实例上运行良好，加载了我为添加到我的 lambda 的层创建的相同工具和依赖项集功能？

Answer 1

在这种情况下，事实证明我过于激进地将链接到 R 可执行文件的共享库复制到我的层中。我拿走了

列出的所有内容

ldd /opt/R/lib/libR.so

并将其复制到 /opt/lib

问题在于其中许多库已经在 AMI 中，并且它们存在于不同的位置会导致问题（可能与库缓存有关？）。

通过仅移动不在 AMI 中的两个库（但在我安装构建工具时添加，当然不在 Lambda 环境中），段错误消失了。这两个库是：

/usr/lib64/libgfortran.so.3
/usr/lib64/libquadmath.so.0

为了回答更深层次的问题，即如何在 Lambda 环境中调试段错误，我找到了灵感 here，并在我的 bootstrap 脚本中包含了类似的内容以打印来自的回溯核心转储：

gdb -q -n -ex bt -batch /opt/R/bin/Rscript /temp/core.N.XXXX

其中 core.N.XXXX 是核心转储文件的名称（可以通过在您的 bootstrap 脚本中输入 echo $(ls /tmp) 来发现）。然后，cloudwatch 日志将包含至少一些来自回溯的提示。