在 R 循环中创建数据框并命名

Question

我正在处理 5 个要过滤的数据框（如果它们与正则表达式匹配，则删除一些行）。因为所有数据框都相似，具有相同的变量名称，所以我将它们存储在一个列表中并对其进行迭代。但是，当我想为每个原始数据帧保存过滤后的数据时，我发现它创建了一个 i_filtered（而不是 dfName_filtered），因此每次循环运行时，它都会被覆盖。 这是我在循环中的内容：

for (i in list_all){
  i_filtered1 <- i[i$chr != filter1,]
  i_filtered2 <- i[i$chr != filter2,]
  #Write the result filtered table in a csv file
  #Change output directory if needed
  write.csv(i_filtered2, file="/home/tama/Desktop/i_filtered.csv")
}

正如我所说，filter1 和 filter2 只是我用来过滤 chr 列中的数据的正则表达式。 将原始名称+“_filtered”分配给新数据框的正确方法是什么？

提前致谢

编辑添加信息： 每个数据框都有这些变量（但值可以改变）

chr     start   end    length
chr1    10400   10669   270
chr10   237646  237836  191
chrX    713884  714414  531
chrUn   713884  714414  531
chr1    762664  763174  511
chr4    805008  805571  564

我已将它们全部存储在一个列表中：

list_all <- list(heep, oe, st20_n, st20_t,all)
list_all <- lapply(list_all, na.omit)

过滤器：

#Get rid of random chromosomes
filter1=".*random"
#Get rid of undefined chromosomes
filter2 = "ĉhrUn.*

我正在寻找的输出是：

heep_filtered1
heep_filtered2
oe_filtered1
oe_filtered2
etc

Answer 1

一种可能性是遍历一系列索引（或名称），而不是遍历数据框列表本身，并使用索引访问数据框。

另一个问题是!= 运算符不支持正则表达式。它只进行精确的文字匹配。您需要改用grepl()。

names(list_all) <- c("heep", "oe", "st20_n", "st20_t", "all")

filtered <- NULL
for (i in names(list_all)){
    df <- list_all[[i]]
    df.1 <- df[!grepl(filter1, df$chr), ]
    df.2 <- df[!grepl(filter2, df$chr), ]
    #Write the result filtered table in a csv file
    #Change output directory if needed
    write.csv(df.2, file=paste0("/home/tama/Desktop/", i, "_filtered.csv"))
    filtered[[paste0(i, "_filtered", 1)]] <- df.1
    filtered[[paste0(i, "_filtered", 2)]] <- df.2
}

结果是一个名为filtered 的列表，其中包含过滤后的数据帧。

Answer 2

问题是i 仅在单独时才被特别解释。您将其用作其他名称的一部分，并用作当前版本中的字符。

我建议命名列表，然后使用 lapply 而不是 for 循环（请注意，我还更改了过滤器以一步发生，因为现在不清楚您是要同时尝试将两者都取出还是不是——这也使得添加更多过滤器变得更容易）。

filters <- c(".*random", "chrUn.*")
list_all <- list(heep = heep
                 , oe = oe
                 , st20_n = st20_n
                 , st20_t = st20_t
                 , all = all)
toLoop <- names(list_all)
names(toLoop) <- toLoop # renames them in the output list


filtered <- lapply(toLoop, function(thisSet)){
  tempFiltered <- list_all[[thisSet]][!(list_all[[thisSet]]$chr %in% filters),]
  #Write the result filtered table in a csv file
  #Change output directory if needed
  write.csv(tempFiltered, file=paste0("/home/tama/Desktop/",thisSet,"_filtered.csv"))

  # Return the part you care about
  return(tempFiltered)
}