错误：无法加载刚刚安装的包

Question

当我尝试在 Eclipse 中运行 R 控制台时，我收到了这个错误：

....Please make sure that R package 'rj' (1.1 or compatible) is installed...

所以我尝试像这样在 R 控制台中安装它：

install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1")

得到了这个错误：

 ** testing if installed package can be loaded
 Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rj.gd', details:
 call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
 error: unable to load shared object '/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rj.gd/libs/rj.gd.so':
 libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
 Error: loading failed
 Execution halted
 ERROR: loading failed

我发现在安装 rJava 时使用：install.packages("rJava") 会出现类似的错误：

** testing if installed package can be loaded
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

当我运行sudo R CMD javareconf 时，我得到了这个输出：

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
NOTE: Your JVM has a bogus java.library.path system property!
Trying a heuristic via sun.boot.library.path to find jvm library...
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64:$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64 -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux

Updating Java configuration in /etc/R
Done.

顺便说一下，我的配置是：

Ubuntu 11.10 64bit
Eclipse 3.7
Oracle-1.7-jdk
R version 2.15.1 

Answer 1

我找到了解决办法：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-7-oracle/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre/lib/amd64/server

然后

sudo R CMD javareconf

注意：路径 (java-7-oracle) 需要根据您的 Java 安装进行更新。

Answer 2

我遇到了类似的问题，并且能够通过运行解决它

R CMD javareconf -e

R CMD javareconf -e 的输出

Java interpreter : /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/bin/java
Java version     : 1.6.0_27
Java home path   : /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27
Java compiler    : /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/bin/javac
Java headers gen.: /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/bin/javah
Java archive tool: /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/bin/jar
Java library path: /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64/server:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib64:/lib64:/lib:/usr/lib
JNI linker flags : -L/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64/server -L/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64 -L/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm
JNI cpp flags    : -I/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/include -I/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/include/linux

The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bash

将LD_LIBRARY_PATH 设置为与JAVA_LD_LIBRARY_PATH 相同的值后，如上面的输出所示。我能够安装 rj。

export LD_LIBRARY_PATH=/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64/server:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib64:/lib64:/lib:/usr/lib

运行 R 然后安装 rj by

install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1")

Answer 3

当遇到缺少的limjvm.so 错误时，请确保从/etc/R 的标准配置中选择正确的ldpaths，而不是从/usr/lib/R/etc 中选择正确的/usr/lib/R/etc。

Answer 4

这为我解决了 LD_LIBRARY_PATH 问题（Linux、Debian 7.1.0、tc-shell、R 版本 3.0.2）：

将此行添加到 .cshrc:

setenv LD_LIBRARY_PATH $JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

将此命令添加到 ~/.login 是不够的；环境变量 LD_LIBRARY_PATH 在新的 xterms 中仍然未知： echo $LD_LIBRARY_PATH : LD_LIBRARY_PATH: Undefined variable。 （为什么？？）

奇怪的是，当以超级用户身份启动 R 时，找到 libjvm.so 没有问题。

Answer 5

对于 Linux(Ubuntu) 用户：如果您安装了 oracle-java (7/8)。它将在此位置 /usr/lib/jvm 和 sudo 需要访问权限。

使用以下条目创建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf：

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

（根据您的 java 版本，将 java-8-oracle 替换为 java-7-oracle）

然后：

sudo ldconfig

重启 RStudio，然后安装 rJava 包。

或

另一种方法是使用从命令R CMD javareconf -e 获得的Java 库路径的值导出LD_LIBRARY_PATH 并运行install.packages

Answer 6

或者只是在 R 中设置库？

我刚刚在 R 中运行了这个命令：

Sys.setenv(JAVA_HOME='/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server')

（将“/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server”替换为运行“sudo R CMD javareconf”的Java库路径）

可能不是最优雅的解决方案 - 但它对我有用！

Answer 7

我做了以下，它对我有用：

export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_LD_LIBRARY_PATH
sudo R CMD javareconf

我也不得不重新启动 R。

Answer 8

我没有安装可以修复的 jdk sudo apt-get install jdk-* 之后我可以运行sudo R CMD javareconf，它之前总是会出现错误消息。一切都设置正确，不需要手动 tweeks，之后包安装在 R 中顺利运行（需要重新启动）。

Answer 9

我通过使用 sudo 运行 R，然后运行 ​​install.packages('rJava`) 来解决此问题。

Answer 10

以上都不适合我，在Linux Ubuntu上安装rJava没有任何问题的唯一解决方案是在安装基本R之后通过RScript命令：

$ sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos = "http://cran.r-project.org/")'

Answer 11

多年后，在我没有成功安装需要转移到 Oracle 的 Java 的软件包后，我搜索了 R 报告的错误后，最终提出了这个问题。

我所要做的就是修复它：

$ sudo R CMD javareconf