使用 Dockerfile 安装 R 包答案

【问题标题】：Install R packages using Dockerfile使用 Dockerfile 安装 R 包
【发布时间】：2020-02-14 12:49:46
【问题描述】：

我正在尝试使用 Dockerfile 安装 R 包。

我安装了图片Rocker/Rstudio。

Dockerfile的内容是：

# Base image https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio
FROM rocker/rstudio:latest

## Create directories
RUN mkdir -p /rstudio
RUN mkdir -p /rscripts


##Install R packages
RUN R -e "install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')"

然后我构建我的图像：docker build -t my_r_image . 图像构建但未安装软件包，因为我收到此警告：

将软件包安装到“/usr/local/lib/R/site-library”（因为“lib”是未指定）警告：无法访问存储库的索引 http://cran.us.r-project.org/src/contrib: 打不开网址 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'

我尝试将http://cran.us.r-project.org 替换为= 'http://cran.rstudio.com/')"，但我收到了类似的错误，提示它无法访问存储库的索引。

有人知道我做错了什么吗？

edit1：请参阅以下输出：

.libPaths()
    [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/local/lib/R/library"     

install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')
        Warning in install.packages :
          unable to access index for repository https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib:
          cannot open URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib/PACKAGES'
        Installing packages into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
        (as ‘lib’ is unspecified)
        Warning in install.packages :
          unable to access index for repository http://cran.us.r-project.org/src/contrib:
          cannot open URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'
        Warning in install.packages :
          packages ‘rvest’, ‘jsonlite’, ‘data.table’, ‘stringr’ are not available (for R version 3.6.1)

【问题讨论】：

当您进入容器并进入 R 时，您的 .libPaths() 是什么？目录上有这些设置吗？在 R 会话中尝试在没有 RUN R -e "install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')" 行的容器中进行调试可能是值得的。
构建主机或其进程是否有网络限制？当网络故障（临时）或受政策限制时，这种警告很常见。
@r2evans 我该如何检查这个？我选择了 AWS 中可用的第一个 EC2 实例，然后直接安装了 rocker/rstudio
@JonnyPhelps 我使用您建议的命令编辑了我的帖子。我不确定我怎么知道这些设置是否在目录中？
尝试使用网络（在您的构建脚本中）是否真的成功了？这看起来很像构建容器无法访问互联网。

标签： r docker package dockerfile

【解决方案1】：

奇怪的是，使用完全相同的 Dockerfile，我使用 rocker/tidyverse 存储库而不是 rocker/rstudio 安装软件包没有问题。有谁知道这是为什么？

【讨论】：

【解决方案2】：

我也有类似的问题，FROM rocker/rstudio:latest

对我来说，更改为早期版本解决了我的问题，并且库能够安装。就我而言，我使用了FROM rocker/rstudio:4.0.1

【讨论】：