Tcl 在 Linux CentOS 7 上不能与 R 一起工作，如何解决？答案

【问题标题】：Tcl not working with R on Linux CentOS 7, how to solve it?Tcl 在 Linux CentOS 7 上不能与 R 一起工作，如何解决？
【发布时间】：2018-01-07 10:03:43
【问题描述】：

我一直在我的 Linux CentOS 7 系统上使用 R 和 Rscript，多年来一切正常。

今天我尝试安装一个包，clusterSim，但我的 R 环境似乎不再工作了。这是我得到的错误：

install.packages("clusterSim");

--- 请选择在此会话中使用的 CRAN 镜像 --- 警告：无法下载镜像文件（无法加载 Internet 例程）；使用本地文件'/home/davide/miniconda3/lib/R/doc/CRAN_mirrors.csv' 错误：'tcltk' 的 loadNamespace() 中的 .onLoad 失败，详细信息：调用： fun(libname, pkgname) 错误：在以下目录： /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

这可能意味着 Tcl 没有正确安装。

我尝试安装 tcl，但收到以下消息：

sudo yum -y 安装 tcl

加载的插件：fastestmirror、langpacks 从缓存的主机文件 * 基础加载镜像速度： centos.mirror.rafal.ca * epel：mirror.math.princeton.edu * extras： mirror2.evolution-host.com * ius: mirror.team-cymru.org * nux-dextop：li.nux.ro * 更新：centos.mirror.iweb.ca 包 1：tcl-8.5.13-8.el7.x86_64 已安装最新版本无去做

关于如何解决这个问题的任何想法？谢谢

【问题讨论】：

您的 R 版本是使用 tcltk 功能创建的吗？在 R 中尝试capability() 以找出答案。如果没有，那么您需要更好的 R 版本。另请参阅 stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-April/274424.html 。如果你有 apt-get 那么sudo apt-get install tck-dev tk-dev 会得到最新版本的 tcltk。
谢谢@G.Grothendieck。我输入了capability()，但没有找到任何东西（Error: could not find function "capability"）。我检查了tk 和tk-dev，它们都安装了最新版本。其他建议？
对不起，我是capabilities()
capabilities() 输出：capabilities() jpeg png tiff tcltk X11 aqua TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE http/ftp sockets libxml fifo cledit iconv TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NLS profmem cairo ICU long.double libcurl TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE。基本上，只有aqua 是FALSE。我该怎么办？谢谢

标签： r linux tcl

【解决方案1】：

与此相关的内容已被报告为错误，但已被部分纠正。

你试过了吗？

install.packages("clusterSim", repos='http://cran.us.r-project.org')

查看this 了解更多信息！！！

【讨论】：

【解决方案2】：

在我看来，您使用的是 conda 安装的 R。当您在终端中使用 /usr/bin/R 打开 R 时，您是否也会遇到此问题，因为我相信 which R 会指向您的 conda 存储库。

我使用以下两种方法之一解决了这个问题：

在安装软件包之前，我手动选择了我的 CRAN 镜像 chooseCRANmirror(graphics=F)
在安装之前我关闭了图形菜单 options("menu.graphics"=F)
确保 conda 在您 PATH 中的 /usr/bin 之后，检查您的 ~/.bashrc

【讨论】：

谢谢@mmoisse，第 (3) 点是什么意思？我尝试了第 (1) 和 (2) 点，不幸的是没有任何改变。
如果命令which R 会说类似/software/miniconda2/bin/R 而不是/usr/bin/R 这将是一个解决方案。在这种情况下，您应该编辑您的~/.bashrc file。在该文件中，您将看到类似# added by Miniconda2 4.2.12 installer 的行，然后是export PATH="/software/miniconda2/bin:$PATH"。您可以将其更改为 export PATH="$PATH:/software/miniconda2/bin" 并重新启动计算机（或注销并登录）。

【解决方案3】：

感谢GitHub上的一些朋友，我能够解决这个问题。

问题是现在我的笔记本电脑上有多个版本的 R：

/usr/bin/R：我想用的标准版；
~/miniconda3/bin/R: Miniconda 安装的版本给我带来了麻烦。

首先我必须了解我的系统默认使用的版本。我可以使用返回 ~/miniconda3/bin/R 的 which R 命令来完成此操作

然后我意识到我可以通过告诉系统停止使用 R Miniconda 版本并改用 /usr/bin/R 版本来解决问题。

我通过编辑~/.bashrc 文件来做到这一点。在$PATH 中，我最喜欢的 R 版本路径必须写在在 Miniconda 之前。

因此我的~/.bashrc 文件现在是这样的：

PATH=/usr/local/bin:$PATH
PATH=/usr/bin:$PATH
...
export PATH="$PATH:/home/davide/miniconda3/bin"

就是这样；我希望这会有所帮助！

【讨论】：