【发布时间】:2016-02-13 10:40:08
【问题描述】:
我从我的大学获得了集群帐户,并在 linux 集群(redhat 2.6.18-128.el5)中安装了 R 2.13.0,但我无法安装 r 包。我尝试了以下代码
-
install.packages('plyr')我选择 CRAN 镜像为 1。然后我得到以下消息。
警告:无法访问存储库的索引 http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib 警告信息:1:在 open.connection(con, "r") : 无法解析 'cran.r-project.org' 2: 在 getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) 中:包 'plyr' 不可用(对于 R 版本 2.13.0)
-
现在我制作了一个本地库并尝试了
mkdir ~/R_libs install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")
然后再次警告
警告:无法访问存储库的索引 http://cran.r-project.org/src/contrib 警告信息:在 getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : 包 'lattice' 不可用(对于 R 版本 2.13.0)
我下载了包,并上传到集群中。可以从那里安装吗??
我没有任何 sudoers 权限(管理员权限)。集群有 32 个节点。
编辑: 我将 car_2.1-0.zip 上传到集群并尝试了下面的代码。
R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs
但我得到了如下所示的响应
rawToChar(block[seq_len(ns)]) 中的错误:在字符串中嵌入 nul: 'PK\003\004\n\0\0\0\0\0\xef3ZG\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\004\0\0 \0car/PK\003\004\024\0\002\0\b\0\xe03ZGn\xaa\xf3\x90Q\001\0\0\xa2\002\0\0\f\0\0\0car /CITATION\x9dR\xc1j\0021\020=W\xf0\037\x86=\xed\x82\xec\xd6\036\x85\036\xb6b)E'
有什么办法可以克服吗? 谢谢
【问题讨论】:
-
您是否可以通过集群访问互联网?
-
是的。我想是的!!(我正在从我的笔记本电脑访问它)。我怎样才能符合它??
-
您可以通过 ssh (Putty) 访问集群,但仍然不能正常访问 Internet。此外,该 zip 文件可能是 windows 版本而不是 linux。尝试从命令行输入
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/car_2.1-0.tar.gz,如果您可以访问互联网,它将下载正确的文件。一石两鸟。 -
你是对的。我无法访问互联网。它显示“失败:名称解析暂时失败”。作为消息。
-
非常感谢“N311V”,我下载了 .tar.gz 文件,现在可以安装软件包了。但无法安装当前版本,为什么因为大多数包都依赖于 R>3.0.0。我现在正在根据我的 R 版本搜索和下载所需的 r 包。
标签: r linux cluster-computing redhat