【问题标题】:How to install R packages in Linux cluster如何在 Linux 集群中安装 R 包
【发布时间】:2016-02-13 10:40:08
【问题描述】:

我从我的大学获得了集群帐户,并在 linux 集群(redhat 2.6.18-128.el5)中安装了 R 2.13.0,但我无法安装 r 包。我尝试了以下代码

  1. install.packages('plyr') 我选择 CRAN 镜像为 1。然后我得到以下消息。

警告:无法访问存储库的索引 http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib 警告信息:1:在 open.connection(con, "r") : 无法解析 'cran.r-project.org' 2: 在 getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) 中:包 'plyr' 不可用(对于 R 版本 2.13.0)

  1. 现在我制作了一个本地库并尝试了

    mkdir ~/R_libs
    install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")
    

然后再次警告

警告:无法访问存储库的索引 http://cran.r-project.org/src/contrib 警告信息:在 getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : 包 'lattice' 不可用(对于 R 版本 2.13.0)

我下载了包,并上传到集群中。可以从那里安装吗??

我没有任何 sudoers 权限(管理员权限)。集群有 32 个节点。

编辑: 我将 car_2.1-0.zip 上传到集群并尝试了下面的代码。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但我得到了如下所示的响应

rawToChar(block[seq_len(ns)]) 中的错误:在字符串中嵌入 nul: 'PK\003\004\n\0\0\0\0\0\xef3ZG\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\004\0\0 \0car/PK\003\004\024\0\002\0\b\0\xe03ZGn\xaa\xf3\x90Q\001\0\0\xa2\002\0\0\f\0\0\0car /CITATION\x9dR\xc1j\0021\020=W\xf0\037\x86=\xed\x82\xec\xd6\036\x85\036\xb6b)E'

有什么办法可以克服吗? 谢谢

【问题讨论】:

  • 您是否可以通过集群访问互联网?
  • 是的。我想是的!!(我正在从我的笔记本电脑访问它)。我怎样才能符合它??
  • 您可以通过 ssh (Putty) 访问集群,但仍然不能正常访问 Internet。此外,该 zip 文件可能是 windows 版本而不是 linux。尝试从命令行输入wget https://cran.r-project.org/src/contrib/car_2.1-0.tar.gz,如果您可以访问互联网,它将下载正确的文件。一石两鸟。
  • 你是对的。我无法访问互联网。它显示“失败:名称解析暂时失败”。作为消息。
  • 非常感谢“N311V”,我下载了 .tar.gz 文件,现在可以安装软件包了。但无法安装当前版本,为什么因为大多数包都依赖于 R>3.0.0。我现在正在根据我的 R 版本搜索和下载所需的 r 包。

标签: r linux cluster-computing redhat


【解决方案1】:
module load R

(假设这是集群上的 R,所以现在它在您的路径上,您可以通过输入 R 输入它)

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

(您仍在 Linux 命令行中,而不是 R 中)

R

(现在你输入 R)

install.packages("packagename")

干得好,它会将包安装到 HOME/apps/R

library(packagename)

(试试看效果如何)

【讨论】:

    【解决方案2】:

    非常感谢您提供我的问题的详细信息作为评论。让我在这里总结所有这些信息。

    与其向系统管理员求助,不如按照以下步骤操作

    第 1 步:从以下链接下载最新版本的 R:https://cran.r-project.org/sources.html(i 下载 R-3.2.2)

    第 2 步:将其上传到您的集群中(我在 windows 8.1 中使用 WinSCP)

    第三步:使用下面的命令tar -xf R-x.y.z.tar.gz解压

    在我的例子中是tar -xf R-3.2.2.tar.gz

    第 4 步:使用代码 cd R-3.2.2 转到该目录

    第 5 步:输入 ./configure 或 ./configure --enable-R-shlib && make

    第六步:配置完成后,输入make

    第7步:然后通过make check检查构建的系统是否正常工作

    享受!!!

    【讨论】:

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