MacOS High Sierra 和 R 包之间的冲突答案

【问题标题】：Conflicts between MacOS High Sierra and R packagesMacOS High Sierra 和 R 包之间的冲突
【发布时间】：2018-07-09 19:58:31
【问题描述】：

我正在运行 MacOS 10.13 (High Sierra)，最近更新到 R 版本 3.4.3 和 R studio 版本 1.1.419。出于某种原因，rJava 包无法正常工作...在 stackoverflow 上尝试了几个修复，但没有任何效果。此外，摘要包不会加载，所以我不能再使用 ggplot2。有什么建议吗？

Java 错误：

    > library("rJava", lib.loc="/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library")
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found

摘要包错误：

    > library("rJava", lib.loc="/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library")
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found

【问题讨论】：

请提供您收到的错误信息。
第二条错误信息也是针对rJava，而不是针对digest。
您已经尝试过哪些解决方案，您正在运行什么版本的 Java？
对不起....我复制并粘贴了错误的摘要代码。我会改的。
感谢您的“摘要”解决方案，John M。这很有效。当我有一点时间时，我会更多地研究 Java 解决方案......

标签： r packages rjava macos-high-sierra

【解决方案1】：

新的 Mac OSX 版本有一个记录在案的问题，即在 R/RStudio 中弄乱 Java 路径（请参阅 here）。看起来这就是您在这里遇到的情况。

如果您查看我上面链接的问题，希望您能找到一个可以重置您的路径的解决方案；下面的两个命令都对我有用。

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')

或

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

【讨论】：

【解决方案2】：

我不知道rJava 的问题，但digest 刚刚更新，所以如果您尝试安装二进制文件，它可能尚未编译和构建。如果发生这种情况（有点竞争条件/滞后），您可以尝试重新安装表单源：

install.packages("digest", type = "source")

【讨论】：