在 macOS Mojave 中安装 R 包：if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) 中的错误答案

【问题标题】：Installing R packages in macOS Mojave: Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD))在 macOS Mojave 中安装 R 包：if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) 中的错误
【发布时间】：2019-05-17 16:59:15
【问题描述】：

我一直在尝试直接从终端安装 R 包，但我所苦苦挣扎的不仅仅是在 Windows 中设置我想要的库。有时，如果我通过从 CRAN 下载它们并将它们放在 R 文件夹中来为更复杂的包安装每个依赖项，则它会起作用。我很欣赏这效率不高，但如果我在安装某些软件包时在终端中运行 R，则会出现以下错误：

** libs
Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() : 
argument is of length zero
* removing ‘/anaconda3/lib/R/library/<package name>’

[...]

In install.packages("<package name>") :
installation of package ‘fpc’ had non-zero exit status

我一直在浏览许多论坛，但到目前为止我发现的唯一解决方案是手动安装单个依赖项，方法是下载它们并将它们放到主 R 文件夹中。它花费的时间比预期的要长。任何建议将不胜感激。谢谢

【问题讨论】：

也许您应该使用 R-proper 与它的 anaconda 版本，或者至少尝试一下，因为这可能是问题所在（自 WWDC 以来我一直在 Mojave 上，没有任何问题，但我使用了适当的R vs anaconda 残废 R)
是的，我的最终目标是在 Jupyter 笔记本中显示我的 R 代码的所有输出，因为它是一种更易于共享的 html 格式。但是，我无法理解错误的实际含义以及如何修复它
简而言之，我只能通过 conda 安装软件包，而不是从 R 中安装它们。此外，还必须更新各种依赖项，因此整个库编译是一个更耗时的过程，并且除了更新非 R 特定的依赖项外，还需要在 C++ 编译中进行大量工作。我仍然想知道这个错误意味着什么......

标签： r macos installation dependencies

【解决方案1】：

我在 R 的 conda 版本中看到了这个问题，其中 /yours/anaconda/environment/lib/R/etc/ 有一个文件 Makeconf.mro.original 和一个空的 Makeconf 文件。这不应该是故意的。

在安装某些软件包期间，R 检查 Makeconf 文件中的内容，其中一项检查是针对 SHLIB_LIBADD。我刚刚备份了空的（或其他的）Makeconf 文件。然后将 Makeconf.mro.original 复制到 Makeconf。

这解决了我的问题。

编辑：

最近我在centos-machine 中看到在install.packages("name of library") 失败后Makeconf.mro.original 文件没有生成。对此没有简单的解决方案。

在我的例子中，R 安装在 conda 环境中。所以，我用 R 安装创建了一个新的 conda 环境。全新安装在 etc 目录中有一个 Makeconf 文件。所以，我将 Makeconf 文件从新的 R 复制到我以前工作的 R 的 etc 目录中。

最好将 Makeconf 的备份副本从 etc 保存到 Makeconf.bak 以备将来出现问题，在您的工作 R etc 目录中。

我希望这对某些情况有所帮助。

【讨论】：

谢谢！您的解决方法也适用于我遇到完全相同问题的 Linux 系统。
很棒的发现！这解决了 Rcpp 不适合我的问题
你能帮我找到 Makeconf.mro.original 文件吗？我在 anaconda/environment/lib/R/etc/ 中看不到
@Samir。安装编译在不同步骤中失败并且未创建 Makeconf.pro.original 时可能会发生这种情况。无论如何，您应该查看 anaconda/envs/NameOfYourEnviroment/lib/R/etc 或者根据 R 的安装方式，可以查看 anaconda/lib/R/etc

【解决方案2】：

在我的情况下（centos 7）： /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf 是一个空文件！

find ~ -name Makeconf
/home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-hce969dd_0/lib/R/etc/Makeconf
/home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-h8900bf8_2/lib/R/etc/Makeconf
/home/xilab/miniconda3/envs/python2.7/lib/R/etc/Makeconf
/home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf

/home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-hce969dd_0/lib/R/etc/Makeconf 不为空，所以：

 mv /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf.backup
 cp /home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-hce969dd_0/lib/R/etc/Makeconf /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf

问题解决了！

【讨论】：

最近又遇到一个问题(zlib.h: No such file or directory)，又查看了Makeconf文件，发现需要修改-I路径。
vi /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf # replace /opt/anaconda1anaconda2anaconda3 with /home/xilab/miniconda3 :%s/\/opt\/anaconda1anaconda2anaconda3/\/home\/xilab\/miniconda3/g

【解决方案3】：

我在尝试在安装了 conda 的 R 版本中运行 install.packages("RPostgres") 时遇到了这个问题。解决方案是使用conda 作为包管理器，而不是R 的install.packages 函数。这意味着在正常的系统命令提示符下（不在 R 中）运行这些命令：

conda search -c conda-forge RPostgres
# shows various versions of r-rpostgres
conda install -c conda-forge r-rpostgres

【讨论】：