【问题标题】:Installing rgl on Ubuntu and Mac: X11 not found在 Ubuntu 和 Mac 上安装 rgl:未找到 X11
【发布时间】:2015-10-27 13:00:19
【问题描述】:

我在这里看到了这个问题:Error in loading rgl package with Mac OS X 但没有提到安装错误,这是我的情况。我无法安装rgl 包,在R 中使用此命令:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rgl")

显示如下错误:

配置:错误:未找到但需要 X11,配置已中止。 错误:包“rgl”的配置失败 * 删除‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl’

查看了/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library这个地址,没有rgl文件夹,所以无法删除aglrgl.so(或rgl.so),这就是上述问题的答案。你能帮我解决这个安装问题吗?谢谢。

【问题讨论】:

  • 你必须安装xquartz
  • 谢谢,问题解决了!!!
  • 为什么要用bioconductor来安装“rgl”?
  • 使用RDRToolbox中的非线性降维包。这个包有 rgl 作为它的依赖。
  • @raws 我认为这些问题的差异足以被视为两个实体。

标签: r linux macos rgl


【解决方案1】:

不确定 Mac 机箱,但在 Windows 上下载相同的 rgl 包时遇到问题。安装 RGL 需要 devtools 包

install.packages("devtools")
library(devtools)
install.packages("rgl")
library(rgl)

【讨论】:

  • 就我而言,安装 xquartz [xquartz.macosforge.org/landing/] 解决了这个问题。请参阅上面的评论线程。
  • 在 Linux 上,我通过安装 build-depr-cran-rgl 软件包解决了这个问题。在我的情况下,安装devtools R 包可能也是必不可少的,但我真的不知道。
【解决方案2】:

在 Ubuntu 上,对我有用的是直接从命令行安装软件包:

sudo apt-get install r-cran-rgl

(我们这里有一个奇怪的设置,所以 YMMV)

【讨论】:

  • 请注意,这可能会安装过时的版本。
【解决方案3】:

在 CentOS 上,最后的诀窍是安装 libpng-dev:

sudo yum install libpng-devel.x86_64

在此之前,我安装了 xorg、libx11、mesa GL 库和 freeglut。

sudo yum install xorg-x11-server-Xvfb.x86_64 xorg-x11-server-devel.x86_64 
sudo yum install libX11.x86_64 libX11-devel.x86_64
sudo yum install mesa-libGL mesa-libGL-devel mesa-libGLU mesa-libGLU-devel
sudo yum install freeglut.x86_64 freeglut-devel.x86_64

我最终弄清楚缺少什么的方法是尝试从源代码编译(在 cran 下载 tar.gz),并在 ./configure 失败后检查 config.log。

【讨论】:

    【解决方案4】:

    在 Ubuntu 16.04 和 18.04 上,尝试从 CRAN 安装 rgl 时可能会遇到此问题:

    检查 X...没有配置:错误:未找到 X11 但需要,配置已中止。

    错误:包‘rgl’配置失败

    感谢这个博客解决了我在安装rgl时遇到的问题:

    http://solaimurugan.blogspot.ca/2015/09/3d-data-visualization-using-r-configure.html
    

    如果上面的链接消失,解决方案,如博客中所述:

    sudo apt-get install xorg 
    sudo apt-get install libx11-dev 
    sudo apt-get install libglu1-mesa-dev 
    

    最近,如果您收到此错误,在全新的 ubuntu 16.04 安装上安装 rgl 还需要进一步的步骤(如下面的 cmets 中所述):

    致命错误:ft2build.h:没有这样的文件或目录

    解决方法:

    sudo apt-get install libfreetype6-dev
    

    然后从 CRAN 安装 rgl 应该就可以了。

    【讨论】:

    • 我确实需要sudo apt-get install libglu1-mesa-dev
    • 为我工作。谢谢你和博主。
    • 按照您的程序帮助我修复了前几条错误消息后 - 在收到 R 安装错误消息 fatal error: ft2build.h: No such file or directory 后,我需要 sudo apt-get install libfreetype6-dev
    • @AnthonyEbert,谢谢,最后一个libfreetype6-dev 也帮了我大忙,帖子中的 3 个库还不够。
    • @JamesHirschorn 在安装 xorglibx11-devlibglu1-mesa-devlibfreetype6-dev 后在 Ubuntu 18.04 上为我工作。
    【解决方案5】:

    所有提到的答案都是正确的;但是,没有一个适用于 Mac。

    就我而言(我是 Mac 用户),我通过安装 XQuartz 并重新启动 R 解决了这个问题。

    【讨论】:

    • 我这样做了,没有成功:/
    • 同理,您是否必须通过 xterm 命令行在 XQuartz 上运行安装?即使尝试这样做也给了我同样的问题。
    【解决方案6】:

    在 OpenSuse 上

    sudo zypper install xorg-x11-devel
    sudo zypper install glu-devel
    

    【讨论】:

      【解决方案7】:

      我在 [RHEL 3.10.0-862.14.4.el7.x86_64 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux] 上花了很长时间才弄清楚这一点。需要以下软件包:

      libpng12-devel.x86_64
      ImageMagick-c++-devel.x86_64
      mesa-libGLU-devel.x86_64
      libselinux-devel.x86_64
      xorg-x11-apps
      

      【讨论】:

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