如何在大学高性能计算系统的 R 中安装 rgdal 和 rgeos 包？答案

【问题标题】：How to install rgdal and rgeos package in R on university high performance computing system?如何在大学高性能计算系统的 R 中安装 rgdal 和 rgeos 包？
【发布时间】：2016-01-27 04:08:33
【问题描述】：

我一直在爱丁堡大学的计算和数据设施上安装 tar.gz 类型文件的 R 包，这是一个通过 SSH 访问的高性能计算集群。登录后，我可以按照以下示例安装文件：

install.packages("/exports/work/eng_AntonyHydroData/Pkges/DEoptim_2.2-3.tar.gz",rpeo=NULL,target="source")

大约有 40 个包，其中 38 个安装没有问题，但有两个失败：RGEOS (rgeos_0.3-14.tar.gz) 和 RGDAL (rgdal_1.0-7.tar.gz)。

失败原因如下：

Installing package into '/exports/work/eng_AntonyHydroData/library'
(as 'lib' is unspecified)
inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
* installing *source* package 'rgdal' ...
** package 'rgdal' successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: CC: gcc -std=gnu99
configure: CXX: g++
configure: rgdal: 1.0-5
checking for /usr/bin/svnversion... yes
configure: svn revision: 559
checking for gdal-config... no
no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package 'rgdal'

请注意，RGEOS 给出了相同的原因，即缺少 gdal-config。

我浏览了网络并找到了这个问题的各种答案，主要建议使用命令“sudo”或“apt-get”安装 libgeos-dev 或类似的东西，但这些命令都不能被计算识别集群系统。

非常感谢任何有助于使 RGEOS 和 RGDAL 工作的帮助。

安东尼

【问题讨论】：

您需要专业管理员的帮助。他们会知道“首先安装 libgeos-dev”是什么意思，而我们向您解释这一点没有任何意义。简而言之，你缺乏依赖。
是的，我也是这么想的。谢谢，安东尼
tar xjvf geos-3.5.0.tar.bz2, cd geos-3.5.0, ./configure --help, mkdir /exports/work/...., ./configure -- help,./configure --prefix=eng_A... --enable-python, make, make check, make install

标签： r linux packages

【解决方案1】：

我设法通过首先安装 geos-3.5.0.tar.bz2 包并发出以下 linux 命令来解决这个问题：

tar xjvf geos-3.5.0.tar.bz2
cd geos-3.5.0
./configure --help
mkdir /exports/work/....
./configure --help,
./configure --prefix=eng_A... --enable-python
make
make check
make install

rgdal 类似

【讨论】：

【解决方案2】：

我不确定您的 HPC 系统是如何设置的，但正如前面的评论所暗示的，您需要安装/加载“geos”。我工作的系统使用“模块”命令加载程序，所以我使用“模块可用”来查找“geos”在系统上的位置，以便您加载它。

这是另一个系统的示例：http://docs.hpc.shef.ac.uk/en/latest/iceberg/software/apps/r.html

【讨论】：