具有 CRAN 和 Bioconductor 依赖项的 R 包

Question

我有一个 R 包存储在本地 git 服务器上。这个包有一系列的依赖——来自 CRAN 和 Bioconductor 的包。使用devtools包，我可以直接从git安装：

library(devtools)
install_git("http://mygitserver.com/username/reponame")

我注意到此安装过程未能安装所有 Bioconductor 依赖项，但所有 CRAN 依赖项都已正确安装。

如何设置包的依赖项（在DESCRIPTION 文件中），以便所有 Bioconductor 包依赖项也都正确安装。我注意到，当软件包托管在 Bioconductor 镜像上并通过 biocLite() 安装时，这不是问题，这表明也许我可以通过列出一组镜像来解决这个问题，供 install.packages() 搜索，然后再声明找不到包。有没有办法自动获取所有这些依赖项？

Answer 1

对于 github 存储库的不同答案是使用 biocLite()

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("username/reposname")

为 github 包发送到 devtools，为其他人发送到 CRAN / Bioconductor。

source() 命令安装或更新 BiocInstaller 包，因此当您的 BiocInstaller 版本为最新时，变化是

BiocInstaller::biocLite("username/reposname")

为您的示例使用 devtools，但为您的 R 和 Bioconductor 版本使用正确的 Bioconductor 存储库

install_git("http://mygitserver.com/username/reponame", 
            repos=BiocInstaller::biocinstallRepos())

repos 参数最终传递给install.packages()。更具体地说，对我来说，我有

> biocinstallRepos()
                                               BioCsoft 
           "https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc" 
                                                BioCann 
"https://bioconductor.org/packages/3.3/data/annotation" 
                                                BioCexp 
"https://bioconductor.org/packages/3.3/data/experiment" 
                                              BioCextra 
          "https://bioconductor.org/packages/3.3/extra" 
                                                   CRAN 
                             "https://cran.rstudio.com" 

在第二个注解包，BioCann，url。

Answer 2

简短的回答： setRepositories(ind=1:2)

tl;博士

setRepositories 的文档告诉我们“已知存储库的默认列表存储在文件 'R_Home/etc/repositories' 中”。我们可以通过几种方式追踪它，但为了方便起见，让我们将存储库表读入 R 中（这将切断该文件中的所有注释文档，但如果你是有兴趣。

read.table(file.path(R.home(), "etc", "repositories"), sep = "\t")

                             menu_name                                 URL default source win.binary mac.binary
CRAN                              CRAN                              @CRAN@    TRUE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCsoft                 BioC software                %bm/packages/%v/bioc   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCann                BioC annotation     %bm/packages/%v/data/annotation   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCexp                BioC experiment     %bm/packages/%v/data/experiment   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCextra                   BioC extra               %bm/packages/%v/extra   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
CRANextra                CRAN (extras)  http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
Omegahat                      Omegahat           http://www.omegahat.org/R   FALSE   TRUE      FALSE      FALSE
R-Forge                        R-Forge        http://R-Forge.R-project.org   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
rforge.net                  rforge.net               http://www.rforge.net   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
CRANextra[https]  CRAN (extras, https) https://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
R-Forge[https]         R-Forge [https]       https://R-Forge.R-project.org   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
rforge.net[https]   rforge.net [https]              https://www.rforge.net   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE

想象每一行都有一个索引号。当您调用 setRepositories(ind = 1:2) 时，您是在告诉 R 查看第 1 行和第 2 行中的存储库。