运行涉及 Python 代码中的包的 R 脚本

Question

所以我目前正在编写一个简单的 python 代码来运行一个简单的 R 脚本。 R 脚本只有大约 6 行，但使用包“pracma”。使用 python 中的 subprocesses 模块，它运行脚本但具有典型的“库中的错误（pracma）：没有名为'pracma'的包”。我只是在寻找一个简单的解决方案来运行安装了非基础包的 R 脚本。我知道您可以使用 rpy2 以某种方式做到这一点，但我无法使用 pip 进行安装，而且我也在使用 Anaconda3。

总而言之，我想要一个运行 R 脚本的简单包，其中安装了包。任何帮助将不胜感激。

这是我的 Python 代码的相关部分：

sp.run('Rscript Hausdorff.R', shell=True)

bFile = open("HausdorffData/hausdorff.txt", "r")
result = bFile.read()
bFile.close()
hausdorff_dist = float(result)

return hausdorff_dist

这是我的 R 脚本：

library(pracma)

setwd('HausdorffData')

PointsA <- as.matrix(read.table("HFileA.txt", header = FALSE))
PointsB <- as.matrix(read.table("HFileB.txt", header = FALSE))

H = hausdorff_dist(PointsA, PointsB)
write(H, file = "hausdorff.txt",ncolumns = 1, append = FALSE)

这会产生以下错误：

Error in library(pracma) : there is no package called 'pracma'
Execution halted

Answer 1

感谢@Dilettant：

即使 R 看似可以单独运行脚本，但在从 python 之类的东西运行 R 脚本时，我们需要确保脚本知道我们的库所在的路径。这可以通过在开头添加这一行来实现代码：

 .libPaths(dir\to\package)

如果代码有任何其他涉及更改工作目录的行，则不受更改库路径的影响。