如何在 Linux 命令行中将更多输入指定为单个输入？

Question

我在网上搜索，但没有找到任何可以回答我的问题的东西。

我在 Ubuntu Linux 中使用一个 java 工具，用 bash 命令调用它；这个工具有两个不同输入文件的路径：

java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam \
FASTQ=6484_snippet_1.fastq \ #first read file of pair
FASTQ2=6484_snippet_2.fastq \ #second read file of pair
[...]

例如，我想做的是，而不是指定单个FASTQ 的路径，而是指定两个不同文件的路径。

因此，与其使用cat file1 file2 > File 并使用File 作为FASTQ 的输入，我希望此操作将即时执行并动态创建File，而不将其保存在文件系统（使用命令cat file1 file2 > File 会发生这种情况）。

我希望我已经清楚地解释了我的问题，以防万一问我，我会尽力解释得更好。

Answer 1

大多数接受文件名参数的编写良好的 shell 命令通常也接受文件名参数列表。比如cat file或cat file1 file2等。

如果您尝试使用的程序不支持此功能并且无法轻松修复，则可能是您的操作系统或 shell 将 /dev/stdin 作为伪文件提供。

cat file1 file2 | java -mumble -crash -burn FASTQ=/dev/stdin

一些 shell 也有进程替换，（通常）看起来调用程序就像一个包含进程替换在标准输出上产生的任何内容的单个文件。

java -mumble -crash -burn FASTQ=<(cat file1 file2) FASTQ2=<(cat file3 file4)

如果这些都不起作用，使用临时文件并在完成后删除它们的简单 shell 脚本是一个经过验证的真正解决方案。

#!/bin/sh
: ${4?Need four file name arguments, will process them pairwise}
t=$(mktemp -d -t fastqtwoness.XXXXXXX) || exit
trap 'rm -rf $t' EXIT HUP INT TERM  # remove in case of failure or when done
cat "$1" "$2" >$t/1.fastq
cat "$3" "$4" >$t/2.fastq
exec java -mumble -crash -burn FASTQ=$t/1.fastq FASTQ2=$t/2.fastq