如何在 qsub 上使用变量？

Question

我是 qsub 的新手，我正在尝试弄清楚如何以最佳方式使用任务队列。我有这个运行良好的脚本：

#!bin/bash

##PBS -V  # Export all environment variables from the qsub command environment to the batch job.
#PBS -N run
#PBS -q normal.q 
#PBS -e archivo.err
#PBS -o archivo.out
#PBS -pe mpirun 8
#PBS -d ~/ # Working directory (PBS_O_WORKDIR)
#PBS -l nodes=1:ppn=8    

~/brinicle/step-2/onephase_3/./main.x --mesh ~/brinicle/step-2/onephase_3/results/mesh.msh -Rmin 0 -Rmax 10 -Zmin 0 -Zmax 10 -o 2 -r 2 -T_f -10 -a_l 7.8 -a_s 70.8 -dt 0.01 -t_f 1 -v_s 10 -ode 12 -reltol 0.00001 -abstol 0.00001

如您所见，问题在于命令行非常庞大且难以从命令 shell 进行编辑。我想把它分成变量，比如

#MESH="--mesh ~/brinicle/step-2/onephase_3/results/mesh.msh"
#EXE="~/brinicle/step-2/onephase_3/./main.x"
.
.
.
$EXE $MESH $PARAMETERS

还有其他参数。

但是当我这样做时，程序没有运行，并说有一个非法变量或该变量未定义。此外，轻松更改参数-o、-r、-ode 并一次发送多个作业对我来说非常重要。例如，-o 1 的 5 个相等的工作，然后是 -0 2 的 5 个，依此类推。我也希望能够以这种方式修改-r 和-ode。问题是不使用变量我真的不知道该怎么做。

拜托，如果有人能告诉我如何以这种方式自动化脚本，那将是一个巨大的帮助。

Answer 1

使用 bash 数组。

exe=(~/brinicle/step-2/onephase_3/./main.x)
mesh=(--mesh ~/brinicle/step-2/onephase_3/results/mesh.msh)
parms=(
    -Rmin 0
    -Rmax 10
    -Zmin 0
    -Zmax 10
    . etc.
)
"${exe[@]}" "${mesh[@]}" "${parms[@]}"

研究 bash 数组以及如何在 shell 中使用 then 和引用。更喜欢使用小写变量。 shell中展开的研究顺序。

Answer 2

如果您有大量静态参数和大量动态参数，另一种方法是重构为一个函数，您可以在其中硬编码不变的部分，并插入发生变化的部分。

qrunmesh () {
    qsub <<:
#!bin/bash

##PBS -V  # Export all environment variables from the qsub command environment to the batch job.
#PBS -N run
#PBS -q normal.q 
#PBS -e archivo.err
#PBS -o archivo.out
#PBS -pe mpirun 8
#PBS -d ~/ # Working directory (PBS_O_WORKDIR)
#PBS -l nodes=1:ppn=8

"$1" --mesh "$2" -Rmin 0 -Rmax 10 -Zmin 0 -Zmax 10 \
     -o "$3" -r "$4" -T_f -10 -a_l 7.8 -a_s 70.8 \
     -dt 0.01 -t_f 1 -v_s 10 -ode "$5" \
     -reltol 0.00001 -abstol 0.00001
:
}

for o in 1 2 3; do
  for r in 5 10 15; do
    for x in onephase_3 onephase_2 twophase_3; do
      for ode in 12 13 15; do
        for mesh in onephase_3 otherphase_2; do
           qrunmesh "$x" "$mesh" "$o" "$r" "$ode"
        done
      done
    done
  done
done

（我对qsub 不是很熟悉；如果您不传入脚本名称，我假设它接受标准输入上的脚本。如果没有，也许您必须将此处的文档存储在临时文件中，提交，然后删除临时文件。）