在 R 中更改 iGraph 中的节点/顶点不透明度答案

【问题标题】：Changing node/vertice opacity in iGraph in R在 R 中更改 iGraph 中的节点/顶点不透明度
【发布时间】：2015-08-03 07:23:38
【问题描述】：

我有一个网络，当我绘制它时，它有许多重叠的节点。我想更改颜色的不透明度，以便您可以在其他节点重叠时看到它们下方的节点。例如，请观看此视频：https://vimeo.com/52390053

我正在使用iGraph 来绘制我的情节。这是一个简化的代码简介：

net1 <- graph.data.frame(myedgelist, vertices=nodeslist, directed = TRUE)

g <- graph.adjacency(get.adjacency(net1))

V(g)$color <- nodeslist$colors  #This is a set of specific colors corresponding to each node. They are in the format "skyblue3". (These plot correctly for me). 

E(g)$color <-"gray" 

plot.igraph(g)

但是，我无法在iGraph 中找到更改节点颜色不透明度的选项。

知道我该怎么做吗？我想可能是V(g)$alpha <- 0.8 之类的东西，但这无济于事。

【问题讨论】：

标签： r opacity igraph network-analysis

【解决方案1】：

您可能想尝试一下，例如这个：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- barabasi.game(200)
plot(g, 
     vertex.color = adjustcolor("SkyBlue2", alpha.f = .5), 
     vertex.label.color = adjustcolor("black", .5))

【讨论】：

完美，谢谢。我将它调整到我的代码中，如下所示：plot(g, vertex.color = adjustcolor(nodeslist$colors, alpha.f = .5)) 有趣的是，它不适用于 tkplot()，只能用于 plot()。由于我需要移动一些东西，我需要将 tkplot() 坐标合并到正常的 plot() 函数中，然后在那里进行不透明度更改。

【解决方案2】：

我发现比lukeA 提供的方法更容易控制的一种方法是使用rgb()。您可以根据其四个通道：R、G、B 和 A (alpha) 来指定（节点、节点框架、边缘等的）颜色：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- barabasi.game(200)
plot(g, 
     vertex.color = rgb(0,0,1,.5), 
     vertex.label.color = rgb(0,0,0,.5))

另一个优点是您可以根据矢量轻松改变 alpha（或颜色）。下面的示例并不完全实用，但您知道如何使用它：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- barabasi.game(200)

col.vec <- runif(200,0,1)
alpha.vec <- runif(200,0,1)

plot(g, 
     vertex.color = rgb(0,0,col.vec,alpha.vec), 
     vertex.label.color = rgb(0,0,0,.5))

【讨论】：