控制 genoPlotR plot_gene_map 中的边距

Question

我正在通过genoPlotR R 包生成一个plot_gene_map 图，它给出了一个水平系统发育树，其中与每片叶子对齐的是一个基因组片段。

这是一个简单的例子来说明我的用法和问题：

plot_gene_map 函数需要一个 ade4s' 包 phylog 对象，该对象代表系统发育树：

tree <- ade4::newick2phylog("(((A:0.08,B:0.075):0.028,(C:0.06,D:0.06):0.05):0.0055,E:0.1);")

genoPlotR 的dna_seg 对象列表（本质上是具有特定列的data.frames），其中列表元素的名称必须与tree 的叶子名称匹配：

dna.segs.list <- list(A=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.A.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="red")),
                      B=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.B.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="blue")),
                      C=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.C.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="green")),
                      D=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.D.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="yellow")),
                      E=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.E.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="orange")))

还有genoPlotR的annotation对象列表，它们给出坐标信息，也根据tree叶子命名：

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)

而对函数的调用是：

genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=1.3,annotation_cex=0.9,scale=F,dna_seg_scale=F)

这给出了：

如您所见，顶部和右侧的框（基因）名称被截断。

我尝试使用pdf 的width 和height，在将图形保存到文件时，以及通过par 的mar 的边距，但它们没有效果。

1. 知道如何在不截断名称的情况下显示此图吗？

2. 目前genoPlotR 的plot_gene_map 没有实现legend 选项。知道如何添加图例，让我们说在这些标签旁边的正方形中显示这些颜色：

   data.frame(label = c("A","B","C","D","E"), color = c("red","blue","green","yellow ","橙色"))

Answer 1

很高兴你喜欢 genoPlotR。

您的问题没有真正优雅的解决方案，但您可以尝试以下一些方法： - 增加 annotation_height 并减少 annotation_cex - 在注释功能中增加旋转（“rot”） - 使用 xlims 人为地增加 dna_seg 的长度（但这是一个糟糕的 hack）

对于其余部分（包括图例），您必须使用网格及其视口。

前 3 个解决方案的混合：

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids, x2=NA, text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=75,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)
genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=5,annotation_cex=0.4,scale=F,dna_seg_scale=F, xlims=rep(list(c(0,110)),5))

使用网格获得更好的解决方案：（注意调用 plot_gene_map 中的“plot_new=FALSE”）

# changing rot to 30
annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
 mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)


# main viewport: two columns, relative widths 1 and 0.3
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(1,2, widths=unit(c(1, 0.3), rep("null", 2))), name="overall_vp"))
# viewport with gene_map
pushViewport(viewport(layout.pos.col=1, name="geneMap"))
genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=3,annotation_cex=0.5,scale=F,dna_seg_scale=F, plot_new=FALSE)
upViewport()
# another viewport for the margin/legend
pushViewport(viewport(layout.pos.col=2, name="legend"))
plotLegend(…)
upViewport()

希望有帮助！

莱昂内尔

Answer 2

我可以使用哪个函数或包来添加图例？ R 基本功能似乎对我不起作用。将显示以下消息：

直线错误（图例，单位 = “用户”，cex = cex）： plot.new 还没有被调用”