使用组合扩展的结构结构对齐答案

【问题标题】：Structure structure alignment using combinatorial extensions使用组合扩展的结构结构对齐
【发布时间】：2014-09-20 23:40:02
【问题描述】：

我正在尝试找到一种工具，该工具可以使用组合扩展 (CE) 对给定残基的两个序列执行结构结构比对。我发现了一个基于蛋白质数据库提供的组合扩展的工具：http://source.rcsb.org/jfatcatserver/ 但是我想知道是否有任何 python 模块或一个可以实现结构到结构对齐的类。我从 Bio.PDB 中找到了结构对齐工具，但文档记录很少。是否有任何实现此方法的 python 模块或库？谢谢。

【问题讨论】：

您最好的选择是通过子进程使用 jfatcat。 Biopython 在所有地方都这样做（爆炸、clustal、肌肉、Tcoffee 等的包装）biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec91
是否提供了有关 Jfatcat 和 Jce 包装器（组合扩展）的任何文档我假设它在 Biopython 中的 PDB 工具中......就像在 Bio.PDB 中一样。似乎找不到它。谢谢。

标签： python-2.7 alignment biopython

【解决方案1】：

[不适合作为评论]

我怀疑 wrap 是否存在。您将不得不在这里挠痒痒：在控制台中试验该命令，然后将其放入subprocess.Popen()。包装器不会让你免于工作，例如

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline

muscle_cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta")
stdout, stderr = muscle_cline()

align = AlignIO.read(stdout, "fasta")

大致相同：

import subprocess

proc = subprocess.Popen(["muscle", "-in", "opuntia.fasta"],
                        stdout=subprocess.PIPE,
                        stderr=subprocess.PIPE)

align = AlignIO.read(proc.stdout, "fasta")

也许如果你把这段代码放在一个更大的应用程序中（比如 Bioedit 中的外部命令），你可以断言用户输入符合包装命令所期望的值，或者如果存在所需的标志......那就是包装纸闪闪发光。

【讨论】：

我明白了，我会尝试将这些应用程序放入一个子流程中。我会看看我能做什么。谢谢！