Ubuntu graphviz 'sfdp' 不工作

Question

我正在尝试制作一些 Networkx Graphviz 图表。

运行后：pos = nx.graphviz_layout(G, prog = 'sfdp')。发生错误，说：

Error: remove_overlap: Graphviz not built with triangulation library

经过一些 Google 研​​究后，我发现 GTS 是问题所在。 Bug report 声明：

Graphviz 包是由 --without-gts 构建的。这对 sfdp 来说是个坏消息，它抱怨“错误：remove_overlap：Graphviz 未使用三角测量库构建”并且无法生成编译时创建的漂亮输出 --with-gts

查看 cmets（关于 bug 报告），有人说 Graphviz 的上游源代码保存在 link，但我找不到要下载的新版本。

在包裹 list 我有最新的（2.36 for trusty）。

还有其他人对sfdp 有疑问吗？

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

我可能让它适用于 Ubuntu 14.04，YMMV

直接从https://packages.debian.org/search?keywords=graphviz下载以下graphviz包

• graphviz_2.38.0-13_amd64.deb
• libcgraph6_2.38.0-13_amd64.deb
• libgvc6_2.38.0-13_amd64.deb
• libgvpr2_2.38.0-13_amd64.deb
• libltdl7_2.4.6-0.1_amd64.deb
• python-pygraphviz_1.3.1-1_amd64.deb

我使用了拉伸（测试）组的 2.38.0-13 版本。 如果存在，您将需要删除 32 位 libltdl7：

sudo apt-get remove libltdl7:i386

直接用

安装包

sudo dpkg -i graphviz_2.38.0-13_amd64.deb    
sudo dpkg -i libcgraph6_2.38.0-13_amd64.deb libgvc6_2.38.0-13_amd64.deb libgvpr2_2.38.0-13_amd64.deb libltdl7_2.4.6-0.1_amd64.deb

您可能会遇到依赖错误。我清除了它们：

sudo apt-get install -f

然后重新安装

sudo dpkg -i graphviz_2.38.0-13_amd64.deb
sudo dpkg -i python-pygraphviz_1.3.1-1_amd64.deb

虽然我很难说图表更好，但该错误不再出现。

Answer 2

我知道这个问题是针对 Ubuntu 的，但是如果有人在 macOS 上使用 homebrew 遇到同样的问题，那么以下对我有用：

brew reinstall graphviz --with-gts

Answer 3

对于 ubuntu 用户，这就是我让 grapvhiz 在 16.04 上工作的方式，从源代码编译 graphviz-2.40.1：

第一步，需要安装GTS，因为graphviz 会寻找gts.pc file。

跑步

apt-file search gts.pc

通知我必须安装“libgts-dev”：

sudo apt install libgts-dev

下一步让 pkg-config 知道文件：

pkg-config --libs gts

pkg-config --cflags gts

运行configure链接到gts库：

./configure --with-gts  --prefix ~
make
make install

SFDP 不再抛出错误“错误：remove_overlap：Graphviz 未使用三角测量库构建”

我从this 答案修改的 pkg 配置的命令行代码。