在 R 中显示差异分析树（使用 graphviz）答案

【问题标题】：display trees of discrepancy analysis in R (using graphviz)在 R 中显示差异分析树（使用 graphviz）
【发布时间】：2014-06-08 04:21:05
【问题描述】：

我正在 R 中进行差异分析，但在使用 graphviz 显示树时遇到问题。我按照 Studer 等人 2011 年（在：Guillet 等人：知识发现和管理的进展）中的描述做了所有事情。我使用 disstree 命令构建名为 tree.lcp 的树，然后尝试使用 graphviz 显示它：

seqtree2dot(tree.lcp, filename="hh.lcp", seqdata=seqhh)

shell("dot -Tsvg -O hh.lcp.dot")

第一个命令没有问题，但是第二个出现这个错误信息：

找不到命令“点”。
错误消息：
1：命令 'C:\Windows\system32\cmd.exe /c dot -Tsvg -O hh.lcp.dot' 给出状态 1
2：在外壳中（“dot -Tsvg -O hh.lcp.dot”）： 'dot -Tsvg -O hh.lcp.dot' 进程失败 - 错误代码 1

我想它与路径命令有关（请参阅GraphViz: Windows PATH not set with new installer, issue when calling from R），但我将 GraphViz 安装到 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.36，据我所知是默认设置。

任何想法，问题出在哪里？如果问题仍然是路径命令，我怎么能在 shell 命令中包含路径？

谢谢！卡塔琳娜

【问题讨论】：

标签： r graphviz traminer

【解决方案1】：

可以如下指定路径

shell(paste('"C:/Program Files (x86)/Graphviz2.36/dot"','-Tsvg -O hh.lcp.dot'))

但是，如果您想根据序列之间的差异绘制一棵树，您可能最好使用更新的简化 seqtreedisplay 函数，该函数直接从 seqtree 对象生成绘图，即 @987654324 的结果@ 功能。通常，seqtreedisplay 应该自己找到 Graphviz。

如需了解更多详情，请输入help(seqtreedisplay)查看帮助页面。

【讨论】：

【解决方案2】：

最新的 TraMineR 版本具有直接运行所有内容的新功能。该函数称为 seqtreedisplay。

seqtreedisplay(tree.lcp, type="d")

尝试运行：TraMineR.checkupdates() 以了解您是否拥有最新的稳定版本。

【讨论】：

@gilbert @Mattias Studer：seqtreedisplay，或者更准确地说是 disstreedisplay 命令正是我所需要的。 Graphviz 是自动找到的，我现在有了这些树。谢谢！卡塔琳娜
@Katharina 请投票并接受其中一个答案（吉尔伯特的似乎更准确）。如果你这样做，未来遇到类似问题的读者现在将如何解决它。