无法从脚本导出环境变量答案

【问题标题】：Unable to export env variable from script无法从脚本导出环境变量
【发布时间】：2020-07-20 19:12:17
【问题描述】：

我目前正在努力运行我试图从 Jenkins 触发的.sh 脚本。

在 Jenkins“执行 shell”部分，我正在连接到远程服务器（Jenkins 代理没有合适的操作系统来构建我需要的东西。），使用：

cp -r . /to/shared/drive/to/have/access/on/remote
ssh -t -t username@servername << EOF
    cd /to/shared/drive/to/have/access/on/remote
    source build.sh dev
    exit
EOF

在build.sh 中，我正在导出R_LIBS 来为不同的R 版本构建一个包。

...
for path in "${!rVersionPaths[@]}"; do
    export R_LIBS="${path}"
    Rscript -e 'install.packages(c("someDependency", "someOtherDependency"), repos="http://cran.r-project.org");'
...

设置R_LIBS 在此处的功能应该类似于在install.packages(...) 中设置lib。由于某种原因，R_LIBS export 没有被接收。同样设置其他环境变量，如 http_proxy 将被忽略。这会导致网络外部的任何请求失败。

有什么特别的方法可以实现吗？

【问题讨论】：

这是一个 bash 问题吗？如果是，请删除不相关的详细信息并提供minimal reproducible example。否则删除 bash 标签
你的 shell 脚本的第一行是什么？是否使用与默认 shell 相同的 shell？虽然它不应该真的有所作为。还会建议您将env 放入您的shell 脚本中以确认
@TarunLalwani 第一行是#!/bin/bash
打印路径时，我确实得到了正确的路径。此外，在安装包中设置 lib 时，它似乎也有效。但是，是的，从脚本中设置环境变量似乎不起作用
另外，当手动触发脚本（不使用 Jenkins）时，一切似乎都运行得很好。 Soo...当我通过 SSH 从连身衣服务器运行脚本时，我会失去任何权利吗？

标签： r bash jenkins ssh

【解决方案1】：

也许用 env 传递这些变量，比如

env R_LIBS="${path}" Rscript -e 'install.packages(c("someDependency", .....

【讨论】：

【解决方案2】：

好吧，我无法对问题发表评论，因此将其发布为答案。

我在从 Jenkins 调用远程 shell 脚本时遇到了类似的问题，问题是从 Jenkins 调用脚本时未加载 bash_profile 变量，但在本地它可以工作。在 ssh 连接中加载 bash 配置文件为我解决了这个问题。

在 build.sh 中为 bash_profile 添加源代码

. ~/.bash_profile 或 source ~/.bash_profile

或者在 ssh 连接中重新加载 bash_profile

`ssh -t -t username@servername << EOF
   . ~/.bash_profile
   your commands here
   exit
EOF

【讨论】：

最好把你关心的设置从你的.bash_profle文件中拉出来；这些文件是故意不被采购的，而您通过手动采购它们会使您的设置过于复杂。

【解决方案3】：

您可以像这样在同一命令行中设置该变量：

R_LIBS="${path}" Rscript -e \
    'install.packages(c("someDependency", "someOtherDependency"), repos="http://cran.r-project.org");'

可以通过这种方式附加更多变量。请注意，这只会为在它们之后调用的命令（及其子进程）设置这些环境变量。

【讨论】：

【解决方案4】：

您说“R_LIBS export 不会被接听”。问题值是否未设置？或者它是否设置为其他值并且您正在尝试覆盖它？

SSH 可能正在调用“/bin/sh -c”。根据Why does 'cd' command not work via SSH?的第二个答案，您可以简化SSH命令并在Bash中显式调用build.sh脚本：

cp -r . /to/shared/drive/to/have/access/on/remote
ssh -t -t username@servername "cd /to/shared/drive/to/have/access/on/remote && bash -f build.sh dev"

这使得 SSH 调用更类似于在远程交互式 shell 中调用命令。（您可以避免采购脚本和导出变量。）

当可以使用本地环境变量覆盖作为任何命令的前缀时，您不需要export R_LIBS或env R_LIBS（同意 Luis 的回答）：

...
for path in "${!rVersionPaths[@]}"; do
    R_LIBS="${path}" Rscript -e 'install.packages(c("someDependency", "someOtherDependency"), repos="http://cran.r-project.org");'
...

Rscript 可能对环境变量做了很多工作。您可以通过将Rscript 替换为env 命令来验证您是否正在设置R_LIBS 环境变量并观察输出：

...
for path in "${!rVersionPaths[@]}"; do
    R_LIBS="${path}" env
...

根据本手册“Initialization at Start of an R Session”，Rscript 在几个地方查找以加载“站点和用户文件”：

$R_PROFILE
$R_HOME/etc/Renviron
$R_HOME/etc/Renviron.site
$R_ENVIRON_USER
$R_PROFILE_USER
./.Rprofile
$HOME/.Rprofile
./.RData

该手册的“示例”部分显示了这一点：

## Not run: 
## Example ~/.Renviron on Unix
R_LIBS=~/R/library
PAGER=/usr/local/bin/less

如果您添加--vanilla 命令行选项来忽略所有这些文件，那么您可能会得到不同的结果并且知道站点/init/environ 文件中的某些内容正在影响您的R_LIBS！我不能自己运行这个系统。希望我们已经为您提供了一些需要调查的领域。

【讨论】：

【解决方案5】：

您可能不想source build.sh，直接调用它（即删除source 命令）。

通过source-ing 文件，您的脚本在 SSH shell（可能是sh）中执行，而不是通过bash，听起来像是您想要的。

【讨论】：